S13-01 : 微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」

森 宙史²,藤澤 貴智³,千葉 啓和⁴,山本 希¹,鈴木 真也²,菅原 秀明³,内山 郁夫⁴,中村 保一³,黒川 顕^1,2
1東京工業大学地球生命研究所, 2東京工業大学大学院生命理工学研究科, 3国立遺伝学研究所生物情報研究センター, 4基礎生物学研究所ゲノム情報研究室
ライフサイエンス研究において、知識の集積体であるデータベース(DB)は、知識の参照のみならず、新たな研究分野を切り拓く上で必須となる極めて重要な研究基盤である。ライフサイエンス研究の中でも、微生物研究は歴史も古く、これまで蓄積されたデータや知識は多様かつ膨大である。さらに、ゲノム科学の発展や新型シーケンサーの普及に伴い、膨大な量のデータが産出されており、これらを横断的にかつ簡便に利用出来れば、新たな仮説や研究分野の創出がより容易になると期待される。これを実現するため、我々はゲノム情報を核として様々な微生物学上の知識を統合し、幅広い分野での微生物学の発展に資することのできる微生物統合DB「MicrobeDB.jp」を開発してきた。本DBは、既存の微生物(細菌)の様々な情報(ゲノム・メタゲノム、オーソログ、菌株保存情報など)を単一の検索窓からキーワードを入力することで検索でき、検索結果を専門家が考える情報の意味的な集合ごとに、個別のアプリケーション(Stanza)で表示する事ができる。個々のStanzaの情報を組み合わせることで、細菌や遺伝子の環境中での分布や、細菌群集構造に強い影響を与える環境因子の抽出など、他のDBでは容易に得ることができない複合的な情報も容易に得ることができる。MicrobeDB.jpのWebサイトは（http://microbedb.jp/）。

keywords:統合データベース,セマンティックウェブ,メタゲノム