O23-02 : MiSeqに適した16Sアンプリコン解析用サンプル調製方法の検討

高崎 一人¹,勝又 啓史¹,藤井 渉¹,野口 佳代子¹,松平 崇弘¹,中野 江一郎¹,布藤 聡¹
1（株）ファスマック
近年、シーケンス解析技術の飛躍的な向上に伴い膨大な数のデータを比較的安価に取得することが可能となってきた。大量のデータを解析に利用することで、これまではあまり見えてこなかったマイナーな微生物を検出できるようになったと同時に、機器に供するサンプルの品質が解析データの質に直接影響するようになってきた。次世代シーケンサーを利用した16Sアンプリコン解析に関しては、昨今いくつかの先行研究が行われており、サンプル調製方法からデータ解析まで一連の解析フローが整いつつある。そこで我々は次世代シーケンス解析をより身近に感じていただくために、弊社で保有しているMiSeqを利用して、16Sアンプリコン解析に適したサンプル調製方法の検討を行った。
身近な環境サンプルとして複数個所から採取した土壌を利用した。環境中から安定してDNAを取得するために、改めて既存のDNA抽出方法に関する検討を行った。次に、16SrRNA遺伝子領域からMiSeqにて解析可能な領域を選抜し、プライマーの設計を行った。さらに、各プライマーセットを利用して16Sアンプリコンを調製しMiSeqに供した。
既存のDNA抽出方法を複数検討ところ、市販のDNA抽出キットを利用した方法が質・量ともに安定してDNA抽出を行うことができた。また、MiSeq にて解析可能な300-500bp程度の領域をいくつか選抜した。設計した各プライマーセットを元にPCRを行った結果、品質の高い16Sアンプリコンを調製することができた。今後、様々な領域で調製した16SアンプリコンをMiSeqに供しサンプル間の比較を行う予定である。

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