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二関 倫太郎1,大塚 重人1,伊藤 英臣2,磯部 一夫1,大島 健志朗3,服部 正平3,白鳥 豊4,妹尾 啓史1 1東大・院・農学生命, 2産総研・生物プロセス, 3東大・院・新領域, 新潟農総研・基盤研究, Verrucomicrobia門細菌は、近年の培養非依存的な解析から、土壌圏に普遍的に分布しており、土壌中の存在量は従来の予想よりもはるかに大きいことが示唆されている。しかし、他の門の細菌群に比べ単離例が未だ少なく、その生態や機能は未解明の点が多く、利用できるゲノム情報も非常に限られている。我々は、独自の培地を用いたスクリーニング法により、水田土壌からVer

角田 洋子1,白鳥 豊2,伊藤 英臣3,堀 知行4,西澤 智康5,磯部 一夫1,大塚 重人1,妹尾 啓史1 1東大・院・農学生命, 2新潟農総研, 3産総研・生物プロセス, 産総研・環境管理, 茨城大・農 水田は水管理と作物の影響から土壌環境が劇的に変化する。耕作期は湛水によりバルク土壌で嫌気的な環境が形成されるが、根圏土壌は根からの酸素供給によりバルク土壌に比べ好気的な環境が維持される。また、休閑期は落水されて全体的に好気的な土壌環境が保持される。しかし、この様な土壌環境の変動下における、バルク及び根圏土壌の微生物群集の応答は十分に分かっていない。そこで本研究で

細田 彩香1,茂木 健太朗1,磯部 一夫1,Susilowati Dwiningsih2,妹尾 啓史1,Sudiana I Made3,大塚 重人1 1東大・院・農学生命, 2Indonesian Center Agri. Biotechnol. Genetic Resources Research. Dev., Microbial Division, 3Indonesian Instit. Sci., Research Centre for Biology 水田土壌は、細菌による脱窒が起こりやすい環境の一つである。世界第三位の米の生産量を誇る稲作国家インドネシア

Kato Junichi1,Oku Shota1,Hida Akiko1,Tunchai Mattana1,Vangnai Alisa2,Tajima Takahisa1 1Department of Molecular Biotechnology, Graduate School of Advanced Sciences of Matter, Hiroshima University, 2Department of Biochemistry, Faculty of Science, Chulalongkorn University There are two f

野田 尚宏1,関口 勇地1 1産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門 排水処理プロセスとして利用されている活性汚泥法や生物膜法などは多種の微生物からなる複合微生物群の力を活用した技術である。これらの複合微生物群を解析する技術は、革新的な水利用技術を開発する上でも重要ある。これら処理プロセス中には培養困難な未培養微生物群が多く存在することが知られており、これらの難培養微生物を含む複合微生物群集構造の解析においては培養に依らない手法が効果的である。培養に依らない微生物の解析法では主に16S rRNA遺伝子配列をPCRにより増幅し、プロセス中の複合微生物群を定性・定

村本 穣司 カリフォルニア大学サンタクルーズ校環境学科 米国カリフォルニア州サンタクルーズ郡は、有機農地率が20%を超える有機イチゴ・野菜栽培の先進地であるが、一部のイチゴ圃場で輪作にも拘わらず土壌病害が発生している。一方、当地の慣行イチゴ栽培では、くん蒸剤への規制強化を背景に、土壌くん蒸に依存しない生産技術が模索されており、土壌の健全性（Soil health）が強調されている。本報では、著者らのカリフォルニアの有機および慣行イチゴ栽培における土壌還元殺菌法の最適化に関する研究（2003-）と、米国における土壌の健全性に関連した動向について話題提供し、今後の土壌

井上 謙吾 宮崎大学　農学部　応用生物科学科 鉄還元細菌は有機物を分解代謝する過程で生じる電子を細胞外の酸化鉄などの金属に伝達することで呼吸（異化的鉄還元）を行う。鉄還元細菌の代表的な微生物であるGeobacter属細菌は、自然界に広く分布する偏性嫌気性細菌であり、その多くは電子供与体として酢酸を好んで利用し、細胞外電子受容体としては不溶性の酸化鉄(Ⅲ)を利用できる。Geobacter属細菌の中でもG. sulfurreducensについては細胞外電子伝達について特に詳細な研究がなされてきた。電子受容体としてグラファイトや白金といった電気伝導性物質への電子伝達を効

森 宙史2,藤澤 貴智3,千葉 啓和4,山本 希1,鈴木 真也2,菅原 秀明3,内山 郁夫4,中村 保一3,黒川 顕1,2 1東京工業大学地球生命研究所, 2東京工業大学大学院生命理工学研究科, 3国立遺伝学研究所生物情報研究センター, 4基礎生物学研究所ゲノム情報研究室 ライフサイエンス研究において、知識の集積体であるデータベース(DB)は、知識の参照のみならず、新たな研究分野を切り拓く上で必須となる極めて重要な研究基盤である。ライフサイエンス研究の中でも、微生物研究は歴史も古く、これまで蓄積されたデータや知識は多様かつ膨大である。さらに、ゲノム科学の発展や新型

成澤 才彦 茨城大学農学部 生物間における共生的結びつきは、多くの生物群で見出され、互いの生物の生存・繁殖に不可欠なものとなっている。糸状菌類では、植物との共生関係はよく知られており、実際に農業場面へと利用されている。しかし、細菌との同様の関係は、一部例外を除き（例えば、Partida-Martinez & Hertweck , Nature2005）、あまり注目されていない。当研究グループでは、糸状菌類に普遍的にバクテリア細菌が共存している可能性を検証し、菌学や微生物学分野での新しい概念構築を目指している。この仮説が証明されれば、これまで糸状菌単独の能力

田岡 東1,2,Oestreicher Zachery1,山下 隼人3,福森 義宏1,2 1金沢大学理工研究域, 2金沢大学理工研究域バイオAFM先端研究センター, 3慶應義塾大学医学部薬理学教室(日本学術振興会　特別研究員 PD) 原子間力顕微鏡（AFM）は、基板に固定した試料の表面をナノサイズの探針でなぞり、試料の構造を可視化する。緩衝液などの溶液中で観察を行うことができるため、生理的条件下での生体分子の観察に用いられている。金沢大学の安藤教授らが開発した高速AFMは、探針の走査速度を飛躍的に向上させることで、生体分子の構造とその動態を高い空間時間分解能で観察