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佐藤 悠1,木村 浩之1 1静大院・理・地球科学, 2, 3, , タンパク質合成の翻訳を担うリボソームは大小2つのサブユニットからなる。原核生物の小サブユニットは16S rRNAと21種類のタンパク質で構成される。多くの原核生物はゲノム上に複数コピーの16S rRNA遺伝子を有するが、それらの塩基配列はほぼ一致している。一方、好塩性古細菌Haloarcula属の中にはゲノム上に3種類の16S rRNA遺伝子(rrnA、rrnB、rrnC)を有し、rrnAとrrnBC間で塩基配列は概ね5%異なることが報告されている。さらに、rrnAとrrnBCのG+C含量を比較す

松下 慎1,石川 修伍2,長井 一茂1,2,木村 浩之1 1静大院・理・地球科学, 2静大・理・地球科学, 3, , 静岡県中西部、愛知、紀伊半島、四国、九州、そして沖縄までの太平洋側の地域は、付加体と呼ばれる厚い堆積層からなり、その深部地下圏には大量の嫌気性地下水と付随ガスが存在している。本研究では、静岡県中西部の付加体の分布域に構築された温泉用掘削井から地下水と付随ガスを採取し、環境データ、ガス組成、炭素安定同位体比を測定した。さらに、地下水に含まれる微生物群集の遺伝子解析と嫌気培養を試みた。その結果、多くのサイトにおいて付随ガスに大量のメタン（98%）が含ま

伊知地 稔1,町山 麻子1,高橋 唯1,千浦 博1,伊藤 世人2,北出 有2,花田 茂久2,田中 祐之2,岩崎 渉1,木暮 一啓1 1東大・大気海洋研, 2東レ株式会社, 3, , 1934年、オランダの微生物学者Beckingは「Everything is everywhere, but the environment selects」という言葉により、環境中にはコスモポリタン種が広く分布するが、ある環境条件がその中の特定群を選択する、という考え方を示した。遺伝子解析手法が急速に進歩しつつある今日、80年前のこの言葉の妥当性が新たな手法で検証されつつあるが、我々

岩崎 渉1,2,3,楊 靜佳1 1東大院・理 生物科学, 2東大院・新領域 情報生命, 3東大・大気海洋研, , 異なった微生物グループは異なった環境群に適応する。これまで、ある一群の微生物グループがどれほど異なった環境に適応できるか、すなわち、Microbial Habitabilityを俯瞰的に解析することは不可能であった。近年、全ゲノムショットガン法および16S rRNAアンプリコン法によるメタゲノム解析が一般的になり、幅広い環境から、純粋培養できない微生物のものも含めて膨大な16S rRNA配列が得られるようになった。我々は、巨大な配列データベース中にいわ

平岡 聡史1,町山 麻子2,伊知地 稔3,井上 健太郎3,木暮 一啓3,岩崎 渉1,2,3 1東大・院・新領域, 2東大・院・理　, 3東大・大気海洋研, , 2011年3月11日、日本の東北沖で発生した地震は、東北地方の太平洋沿岸の広い地域に大規模な津波を引き起こした。この津波によって大量の海水や海底泥が海から陸上に巻き上げられた結果、土壌中の塩分や有機物量、硫酸イオン濃度、一部の金属含有量等が上昇したことが報告され、土壌に生息する微生物を取り巻く環境は大きく変化したと考えられる。しかしながら、微生物の多様性がどのように変化し、環境適応にどのような遺伝子が関わっ

熊谷 洋平1,2,吉澤 晋1,2,福永 津嵩3,渡辺 麻衣4,池内 昌彦4,小椋 義俊5,林 哲也5,木暮 一啓5,岩崎 渉2,3 1東大・大気海洋研, 2東大・大気海洋研, 3東大・院・新領域, 東大・院・総合文化, 宮崎大・フロンティア科学実験総合セ プロテオロドプシン(PR)は2000年に発見された膜タンパク質であり、光エネルギーを利用して細胞内外にプロトン濃度勾配を作る機能を持つ。PRを持つ細菌は従属栄養的に増殖しながら、光エネルギーを利用して作ったプロトン濃度勾配をATP生成、能動輸送、鞭毛運動など様々な用途で用いると考えられている。海洋表層で優占する多

永田 裕二1,田端 理朗1,大畑 智史1,荷川取 佑記1,大坪 嘉行1,津田 雅孝1 1東北大・院・生命科学, 2, 3, , 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane (γ-HCH)は完全な人工化合物であり、γ-HCH分解細菌は細菌の機能進化の研究対象として優れている。我々はγ-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株のγ-HCH分解代謝経路の全貌を解明し、全ゲノム配列決定を含む詳細な解析を実施してきた。本研究では、他のγ-HCH分解細菌Sp

按田 瑞恵1,大坪 嘉行1,大久保 卓1,菅原 雅之1,三井 久幸1,永田 裕二1,津田 雅孝1,南澤 究1 1東北大・院・生命科学, 2, 3, , 染色体は、生存に必須な遺伝子が存在するレプリコンである。全ての既知細菌の主染色体は、rRNA遺伝子オペロン (rrn) が存在する最大のレプリコンであることが知られている。本発表では、唯一のrrnが最大のレプリコンではなく、9.4 kbのレプリコンに存在する新規のゲノム構成から成る細菌を発見したので、その特徴を報告する。演者らは、圃場で栽培したダイズの茎の細菌群集より分離したAureimonas sp. AU20株

Tran Kien Trung1,Maeda Toshinari1 1Dept. of Biological Functions and Engineering, Kyushu Inst. of Tech., 2, 3, , Glycerol is a cheap, abundant source, and can be used for biofuel production. In this study, we used glycerol as a carbon source for hydrogen production in E. coli. Random

北村 里香1,石井 一夫2,前田 勇3,古崎 利則2,岩渕 和則4,斉藤 高弘3 1東京農工大・院・農, 2東京農工大・農学系ゲノム科学人材育成プログラム, 3宇都宮大・農, 北大・院・農, 生物脱臭技術は堆肥化時悪臭の除去などで使用されており、特に悪臭として濃度が高いアンモニアの脱臭媒体として堆肥に焦点を当てた。堆肥化中は悪臭を分解する微生物も存在している可能性もあり、熟成した堆肥もまたそれを受け継いでいると考えられる。本研究では材料の異なる堆肥，残飯堆肥2種類および牛糞堆肥2種類に存在する細菌叢を、16S rRNAをターゲットに次世代シーケンサーを使用し、網羅