O33-06 : 微生物の生息環境の多様性とその進化:MetaMetaDBによる解析
Posted On 20 10月 2014
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1東大院・理 生物科学, 2東大院・新領域 情報生命, 3東大・大気海洋研, ,
異なった微生物グループは異なった環境群に適応する。これまで、ある一群の微生物グループがどれほど異なった環境に適応できるか、すなわち、Microbial Habitabilityを俯瞰的に解析することは不可能であった。近年、全ゲノムショットガン法および16S rRNAアンプリコン法によるメタゲノム解析が一般的になり、幅広い環境から、純粋培養できない微生物のものも含めて膨大な16S rRNA配列が得られるようになった。我々は、巨大な配列データベース中にいわば「埋蔵」されているこれらのデータから、網羅的に(「メタ」に)16S rRNA配列データを集めることにより、様々な環境と16S rRNA配列とを網羅的に関連づけたデータベースMetaMetaDBを開発してきた。MetaMetaDBを使うことで、ある一群の微生物グループが生息環境の多様性を示すか、また、微生物の生息環境の多様性がどのように進化するのかを解析することが可能となる。
keywords:メタゲノム,バイオインフォマティクス,16S rRNA,進化,生息環境