P22-4 : 日本の水田におけるメタン生成菌の群集構造の空間パターン

杉山 修一1,劉 広成1 1弘前大・農学生命 地理的要因が水田土壌のメタン菌群集の構造に与える影響を調べるため,水稲作北限の北海道,名寄市から九州最南端,鹿児島市までに広がる水田40カ所の土壌をサンプリングし,DNA抽出後,メタン菌群集の群集構造をT-RFLP法で調べた。また,東北地方のヨシが優占する自然湿原の土壌のメタン群集を調べ,地表の植物植生がメタン生成菌群集に与える影響も調査した。群集構造解析に用いたプライマーは,リボソームRNA領域の109f/934rであり,制限酵素としてTaq1を用いた。また,各土壌の土壌タイプ,全炭素,窒素,pHも調査した。 結果:
Posted On 20 10月 2014

P22-3 : Verrucomicrobia門に属する新規土壌細菌のドラフトゲノム解析、および糖代謝機 能の推定-難培養細菌の土壌生態系機能の解明を目指して-

二関 倫太郎1,大塚 重人1,伊藤 英臣2,磯部 一夫1,大島 健志朗3,服部 正平3,白鳥 豊4,妹尾 啓史1 1東大・院・農学生命, 2産総研・生物プロセス, 3東大・院・新領域, 新潟農総研・基盤研究, Verrucomicrobia門細菌は、近年の培養非依存的な解析から、土壌圏に普遍的に分布しており、土壌中の存在量は従来の予想よりもはるかに大きいことが示唆されている。しかし、他の門の細菌群に比べ単離例が未だ少なく、その生態や機能は未解明の点が多く、利用できるゲノム情報も非常に限られている。我々は、独自の培地を用いたスクリーニング法により、水田土壌からVer
Posted On 20 10月 2014

P22-2 : 水田におけるバルクおよび根圏土壌細菌群集の構造とその周年変動

角田 洋子1,白鳥 豊2,伊藤 英臣3,堀 知行4,西澤 智康5,磯部 一夫1,大塚 重人1,妹尾 啓史1 1東大・院・農学生命, 2新潟農総研, 3産総研・生物プロセス, 産総研・環境管理, 茨城大・農 水田は水管理と作物の影響から土壌環境が劇的に変化する。耕作期は湛水によりバルク土壌で嫌気的な環境が形成されるが、根圏土壌は根からの酸素供給によりバルク土壌に比べ好気的な環境が維持される。また、休閑期は落水されて全体的に好気的な土壌環境が保持される。しかし、この様な土壌環境の変動下における、バルク及び根圏土壌の微生物群集の応答は十分に分かっていない。そこで本研究で
Posted On 20 10月 2014

P22-1 : インドネシアの高塩分水田土壌における脱窒機能遺伝子および脱窒細菌の多様性

細田 彩香1,茂木 健太朗1,磯部 一夫1,Susilowati Dwiningsih2,妹尾 啓史1,Sudiana I Made3,大塚 重人1 1東大・院・農学生命, 2Indonesian Center Agri. Biotechnol. Genetic Resources Research. Dev., Microbial Division, 3Indonesian Instit. Sci., Research Centre for Biology 水田土壌は、細菌による脱窒が起こりやすい環境の一つである。世界第三位の米の生産量を誇る稲作国家インドネシア
Posted On 20 10月 2014

S33-01 : Bacterial chemotaxis as a strategy for survival in soil ecosystem

Kato Junichi1,Oku Shota1,Hida Akiko1,Tunchai Mattana1,Vangnai Alisa2,Tajima Takahisa1 1Department of Molecular Biotechnology, Graduate School of Advanced Sciences of Matter, Hiroshima University, 2Department of Biochemistry, Faculty of Science, Chulalongkorn University There are two f
Posted On 20 10月 2014

S32-01 : 次世代シークエンサーを用いた微生物相解析技術の品質管理手法

野田 尚宏1,関口 勇地1 1産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門 排水処理プロセスとして利用されている活性汚泥法や生物膜法などは多種の微生物からなる複合微生物群の力を活用した技術である。これらの複合微生物群を解析する技術は、革新的な水利用技術を開発する上でも重要ある。これら処理プロセス中には培養困難な未培養微生物群が多く存在することが知られており、これらの難培養微生物を含む複合微生物群集構造の解析においては培養に依らない手法が効果的である。培養に依らない微生物の解析法では主に16S rRNA遺伝子配列をPCRにより増幅し、プロセス中の複合微生物群を定性・定
Posted On 20 10月 2014

S31-01 : 土壌の健全性評価:米国のイチゴ有機栽培の現場から

村本 穣司 カリフォルニア大学サンタクルーズ校環境学科 米国カリフォルニア州サンタクルーズ郡は、有機農地率が20%を超える有機イチゴ・野菜栽培の先進地であるが、一部のイチゴ圃場で輪作にも拘わらず土壌病害が発生している。一方、当地の慣行イチゴ栽培では、くん蒸剤への規制強化を背景に、土壌くん蒸に依存しない生産技術が模索されており、土壌の健全性(Soil health)が強調されている。本報では、著者らのカリフォルニアの有機および慣行イチゴ栽培における土壌還元殺菌法の最適化に関する研究(2003-)と、米国における土壌の健全性に関連した動向について話題提供し、今後の土壌
Posted On 20 10月 2014

S14-01 : Geobacter属細菌のシトクロムを介した細胞外電子伝達

井上 謙吾 宮崎大学 農学部 応用生物科学科 鉄還元細菌は有機物を分解代謝する過程で生じる電子を細胞外の酸化鉄などの金属に伝達することで呼吸(異化的鉄還元)を行う。鉄還元細菌の代表的な微生物であるGeobacter属細菌は、自然界に広く分布する偏性嫌気性細菌であり、その多くは電子供与体として酢酸を好んで利用し、細胞外電子受容体としては不溶性の酸化鉄(Ⅲ)を利用できる。Geobacter属細菌の中でもG. sulfurreducensについては細胞外電子伝達について特に詳細な研究がなされてきた。電子受容体としてグラファイトや白金といった電気伝導性物質への電子伝達を効
Posted On 20 10月 2014

S13-01 : 微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」

森 宙史2,藤澤 貴智3,千葉 啓和4,山本 希1,鈴木 真也2,菅原 秀明3,内山 郁夫4,中村 保一3,黒川 顕1,2 1東京工業大学地球生命研究所, 2東京工業大学大学院生命理工学研究科, 3国立遺伝学研究所生物情報研究センター, 4基礎生物学研究所ゲノム情報研究室 ライフサイエンス研究において、知識の集積体であるデータベース(DB)は、知識の参照のみならず、新たな研究分野を切り拓く上で必須となる極めて重要な研究基盤である。ライフサイエンス研究の中でも、微生物研究は歴史も古く、これまで蓄積されたデータや知識は多様かつ膨大である。さらに、ゲノム科学の発展や新型
Posted On 20 10月 2014

S12-01 : 糸状菌、特にエンドファイトの諸形質を内生細菌がコントロールするのか?

成澤 才彦 茨城大学農学部 生物間における共生的結びつきは、多くの生物群で見出され、互いの生物の生存・繁殖に不可欠なものとなっている。糸状菌類では、植物との共生関係はよく知られており、実際に農業場面へと利用されている。しかし、細菌との同様の関係は、一部例外を除き(例えば、Partida-Martinez & Hertweck , Nature2005)、あまり注目されていない。当研究グループでは、糸状菌類に普遍的にバクテリア細菌が共存している可能性を検証し、菌学や微生物学分野での新しい概念構築を目指している。この仮説が証明されれば、これまで糸状菌単独の能力
Posted On 20 10月 2014