S32-01 : 次世代シークエンサーを用いた微生物相解析技術の品質管理手法

野田 尚宏1,関口 勇地1 1産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門 排水処理プロセスとして利用されている活性汚泥法や生物膜法などは多種の微生物からなる複合微生物群の力を活用した技術である。これらの複合微生物群を解析する技術は、革新的な水利用技術を開発する上でも重要ある。これら処理プロセス中には培養困難な未培養微生物群が多く存在することが知られており、これらの難培養微生物を含む複合微生物群集構造の解析においては培養に依らない手法が効果的である。培養に依らない微生物の解析法では主に16S rRNA遺伝子配列をPCRにより増幅し、プロセス中の複合微生物群を定性・定
Posted On 20 10月 2014

P22-2 : 水田におけるバルクおよび根圏土壌細菌群集の構造とその周年変動

角田 洋子1,白鳥 豊2,伊藤 英臣3,堀 知行4,西澤 智康5,磯部 一夫1,大塚 重人1,妹尾 啓史1 1東大・院・農学生命, 2新潟農総研, 3産総研・生物プロセス, 産総研・環境管理, 茨城大・農 水田は水管理と作物の影響から土壌環境が劇的に変化する。耕作期は湛水によりバルク土壌で嫌気的な環境が形成されるが、根圏土壌は根からの酸素供給によりバルク土壌に比べ好気的な環境が維持される。また、休閑期は落水されて全体的に好気的な土壌環境が保持される。しかし、この様な土壌環境の変動下における、バルク及び根圏土壌の微生物群集の応答は十分に分かっていない。そこで本研究で
Posted On 20 10月 2014

P22-3 : Verrucomicrobia門に属する新規土壌細菌のドラフトゲノム解析、および糖代謝機 能の推定-難培養細菌の土壌生態系機能の解明を目指して-

二関 倫太郎1,大塚 重人1,伊藤 英臣2,磯部 一夫1,大島 健志朗3,服部 正平3,白鳥 豊4,妹尾 啓史1 1東大・院・農学生命, 2産総研・生物プロセス, 3東大・院・新領域, 新潟農総研・基盤研究, Verrucomicrobia門細菌は、近年の培養非依存的な解析から、土壌圏に普遍的に分布しており、土壌中の存在量は従来の予想よりもはるかに大きいことが示唆されている。しかし、他の門の細菌群に比べ単離例が未だ少なく、その生態や機能は未解明の点が多く、利用できるゲノム情報も非常に限られている。我々は、独自の培地を用いたスクリーニング法により、水田土壌からVer
Posted On 20 10月 2014

P22-4 : 日本の水田におけるメタン生成菌の群集構造の空間パターン

杉山 修一1,劉 広成1 1弘前大・農学生命 地理的要因が水田土壌のメタン菌群集の構造に与える影響を調べるため,水稲作北限の北海道,名寄市から九州最南端,鹿児島市までに広がる水田40カ所の土壌をサンプリングし,DNA抽出後,メタン菌群集の群集構造をT-RFLP法で調べた。また,東北地方のヨシが優占する自然湿原の土壌のメタン群集を調べ,地表の植物植生がメタン生成菌群集に与える影響も調査した。群集構造解析に用いたプライマーは,リボソームRNA領域の109f/934rであり,制限酵素としてTaq1を用いた。また,各土壌の土壌タイプ,全炭素,窒素,pHも調査した。 結果:
Posted On 20 10月 2014

P22-5 : 放射性セシウム汚染レベルの異なる土壌の次世代シークエンサーによる細菌群集構造解析

熊谷 史子1,堀 知行2,難波 謙二3,高崎 みつる4,片山 葉子1 1東農工大・農, 2産総研・環境管理, 3福島大・共生システム理工, 4石巻専修大・理工 〔背景〕福島第一原子力発電所事故の発生により大量の放射性物質が環境中に放出され,福島県をはじめとする周辺地域で土壌汚染が引き起こされた。しかし,放射性物質によって汚染された土壌の細菌群集構造に関する研究報告は少ない。本研究では,土壌への放射性Cs蓄積が,土壌細菌叢にどのような影響を及ぼすのかを調べるために,次世代シークエンス解析を行った。 〔方法・結果〕福島県内の放射性Csによる汚染のレベルが異なる地域から
Posted On 20 10月 2014

S31-01 : 土壌の健全性評価:米国のイチゴ有機栽培の現場から

村本 穣司 カリフォルニア大学サンタクルーズ校環境学科 米国カリフォルニア州サンタクルーズ郡は、有機農地率が20%を超える有機イチゴ・野菜栽培の先進地であるが、一部のイチゴ圃場で輪作にも拘わらず土壌病害が発生している。一方、当地の慣行イチゴ栽培では、くん蒸剤への規制強化を背景に、土壌くん蒸に依存しない生産技術が模索されており、土壌の健全性(Soil health)が強調されている。本報では、著者らのカリフォルニアの有機および慣行イチゴ栽培における土壌還元殺菌法の最適化に関する研究(2003-)と、米国における土壌の健全性に関連した動向について話題提供し、今後の土壌
Posted On 20 10月 2014

S13-01 : 微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」

森 宙史2,藤澤 貴智3,千葉 啓和4,山本 希1,鈴木 真也2,菅原 秀明3,内山 郁夫4,中村 保一3,黒川 顕1,2 1東京工業大学地球生命研究所, 2東京工業大学大学院生命理工学研究科, 3国立遺伝学研究所生物情報研究センター, 4基礎生物学研究所ゲノム情報研究室 ライフサイエンス研究において、知識の集積体であるデータベース(DB)は、知識の参照のみならず、新たな研究分野を切り拓く上で必須となる極めて重要な研究基盤である。ライフサイエンス研究の中でも、微生物研究は歴史も古く、これまで蓄積されたデータや知識は多様かつ膨大である。さらに、ゲノム科学の発展や新型
Posted On 20 10月 2014

P22-6 : 茶園土壌への過剰窒素施肥と整せん枝残渣の投入が微生物群集構造に及ぼす影響

石丸 梢1,浅井 辰夫1,鮫島 玲子1 1静大・院・農 窒素肥料を多量施肥した茶園や、整せん枝残渣(樹高を切り揃える際に発生する葉や枝)が長期堆積した茶園は、N2O排出量が高いとされているが、そのN2O生成に関する微生物については不明な点が多い。我々は2012年9月より、窒素施肥量の違いと残渣投入の有無による4つの茶園試験区①標準施肥40 kg-N/10 a②多施肥120 kg-N/10 a③標準施肥+残渣④多施肥+残渣を設けている。これらの試験区より2014年1月に採取した土壌の培養試験を行ったところ、多施肥区の②④では硝化によるN2O生成が高まり、特に②から発
Posted On 20 10月 2014

S11-01 : 原核生物の体の動かし方

中根 大介,西坂 崇之 学習院大学 理学部 物理学科 生物は,バクテリアからヒトに至るまで自発的に運動する仕組みを細胞・組織レベルで備えており,まわりの環境などに応じて驚くほど多様なメカニズムを発達させてきた.しかし,原核生物の運動様式で,詳細なメカニズムが明らかになっているものは,バクテリアのべん毛などほんのいくつかの仕組みに限られている.本演題では,以下に挙げるような原核生物の細胞1匹の体の動かし方を光学顕微鏡下でナノメーターレベルの精度で詳細に“見る”ことで,遺伝子の類似性とは異なる新しい視点で,これらのメカニズムや環境下での役割について考えたい.1:シアノ
Posted On 20 10月 2014

S33-01 : Bacterial chemotaxis as a strategy for survival in soil ecosystem

Kato Junichi1,Oku Shota1,Hida Akiko1,Tunchai Mattana1,Vangnai Alisa2,Tajima Takahisa1 1Department of Molecular Biotechnology, Graduate School of Advanced Sciences of Matter, Hiroshima University, 2Department of Biochemistry, Faculty of Science, Chulalongkorn University There are two f
Posted On 20 10月 2014