P17-03 : サンプルの前処理方法が新型シーケンサーを用いた微生物叢解析結果に及ぼす影響

沼田 充1,三浦 隆匡1,Sumpavapol Punnanee2,山副 敦司1,藤田 信之1 1NITE・NBRC, 2Prince of Songkla University 近年、微生物菌叢解析において新型シーケンサーを用いた方法が一般的になっている。より正確な解析を行う上で、前処理過程が重要だと考えられるが、サンプル調製方法の違いがシーケンス結果に及ぼす影響を調査した知見は多くない。そこで、我々はシーケンサーの機種やPCRに使用する16S rRNA遺伝子プライマーの違いなどが解析結果に与える影響を調査した。 土壌、海水、原油による集積を行った海水など7種類
Posted On 20 10月 2014

P17-04 : 次世代シークエンス解析の解析領域が様々なサンプルの帰属分類群の推定に及ぼす影響

富田 順子 1(株)テクノスルガ・ラボ 【目的】次世代シークエンサーを用いた解析では、近年、解析できる塩基長が伸びている(現在、イルミナMiSeq では600bp)。解析に使用できる領域の選択肢が増えることで、「微生物群集構造解析においてどの解析領域を使用するのが目的のサンプルに適しているのか?」という疑問を多くの人が持つであろう。そこで、本研究ではMiSeqを用いて、解析領域が様々なサンプルの帰属分類群の推定に及ぼす影響を検討した。【方法】5種類のサンプル(糞便、唾液、土壌、活性汚泥、河川水)からDNAを抽出し、一般細菌16SrDNA対象のユニバーサルプライマー
Posted On 20 10月 2014

P17-05 : 次世代シーケンス解析におけるIndex PCR法は本当に有効な方法なのか?

高橋 俊輔1,富田 順子1,久田 貴義1,西岡 かおり1 1(株)テクノスルガ・ラボ 【目的】近年、次世代シークエンサーの導入により解析可能な塩基配列数が飛躍的に増加し、多検体の同時解析が可能となった。しかし、多検体の同時解析には、多くのプライマーを合成しなくてはならず、初期コストの増加につながる。現在、イルミナMiSeqを用いた解析では、Dual Indexプライマーを用いることにより、プライマー合成コストを抑制することが可能である。さらに、イルミナより、Index PCR法(2 Step PCRによるIndexの付与)がリリースされた。Index PCR法を用
Posted On 20 10月 2014

P17-06 : メタゲノム手法と培養法:酵素遺伝子スクリーニングのための手法間の比較解析

末永 光1,水田 志織1,宮崎 健太郎1,矢追 克郎1 1産総研・生物プロセス 【目的】 産業用酵素の供給源の多くは微生物であるが、環境中の微生物の大部分は培養困難という従来の微生物スクリーニング法の限界を受け、遺伝子資源探索にメタゲノム手法が導入された。以降、メタゲノム手法の優位性を示す多数の報告があるものの、その多くは16S rRNA遺伝子配列に基づく系統学的な解析であった。そこで本研究においては、実際に活性を保有する酵素遺伝子を機能スクリーニングにより取得し、環境中からの遺伝子資源取得という目的において、メタゲノム手法は微生物培養法を凌駕するのか(しないのか
Posted On 20 10月 2014

P17-07 : Droplet-based 16S rRNA gene-targeted PCR improves the quantitative performance of microbial community structure determination using next-generation DNA sequencing

Tourlousse Dieter Maurice1,大橋 明子1,野田 尚宏1,関口 勇地1 1産総研・バイオメディカル Massively parallel sequencing of 16S rRNA (16S) gene amplicons has become a cornerstone technique for determining the composition and structure of complex microbial communities in natural and engineered ecosystems. However,
Posted On 20 10月 2014

P17-08 : ゲル微粒子内における環境微生物の初期増殖

髙木 雄貴1,Parasuraman Swath3,常田 聡3,金田一 規智1,大橋 晶良1,村上 千穂2,青井 議輝2 1広島大・院・工・社会基盤環境工, 2広島大・サステナセンター, 3早稲田大・理工学術院・生命医科学 環境中の微生物の99%以上は現在の培養技術では分離培養できない、いわゆる難培養性である。そもそもこの現象は、一般的な平板培養において植菌した細胞数に対して1%以下のコロニーしか形成しない、という現象に基づいて表現されていることでもある。一方で、本来その事実は微生物学において本質的に重要な課題であるにもかかわらず、なぜほとんどの微生物はコロニーを
Posted On 20 10月 2014

P17-09 : メタン生成補酵素F430の超高感度定量分析法:環境中のメタン生成および嫌気的メタン酸化ポテンシャルへの応用

金子 雅紀1,高野 淑識1,大河内 直彦1,木村 浩之2 1海洋研究開発機構, 2静岡大・理・地球科学 メタン生成は海底下など,還元的な堆積物中における主要な代謝経路の1つであるため,地球表層の炭素循環および,地下生命圏の広がりを理解する上で重要なプロセスである。しかしながら,メタン生成アーキアの分布および活動の理解は断片的にしか進んでいない。特に,海底堆積物深部では,地上との大きな環境落差,複雑な夾雑物成分,低いバイオマスと活性などにより,メタン生成アーキアの定量化は極めて困難である。  そこで,我々は新しい方法論として,メタン生成補酵素F430の超高感度定量分
Posted On 20 10月 2014

P17-10 : nxrBを標的としたin situ RCA-FISH法による亜硝酸酸化細菌の探索

牛木 章友1,藤谷 拓嗣1,星野 辰彦2,常田 聡1 1早稲田大・先進理工学・生命医科学, 2海洋研究開発機構・高知コア研 【背景・目的】亜硝酸酸化細菌(Nitrite-Oxidizing Bacteria:NOB)は亜硝酸を硝酸に酸化する独立栄養細菌であり、環境中における窒素循環の一部を担っている。環境中に生息するNOBの菌叢は、一般的に16S rRNA遺伝子に基づくFISH、シーケンシングによって解析されている。しかし近年、既存のNOB系統とは異なる新規なNOBが機能遺伝子をターゲットとした研究により発見されており、系統が未知のNOBが潜在している。本研究では
Posted On 20 10月 2014

P17-11 : Native二次元電気泳動を用いた活性な亜酸化窒素還元酵素の検出方法の検討

横山 和平,藤田 大介1,藤本 博子1 1山口大・農 農耕地は亜酸化窒素(N2O)の主要な排出源のひとつとして考えられており、亜酸化窒素還元酵素(N2OR)を持つ土壌脱窒菌によるN2への還元がいくつかの研究で試みられている。しかしながら、実際に土壌中で活性なN2ORを発現している脱窒菌群の特定には至っていない。土壌から活性状態のN2ORタンパク質が分離できれば、実際に活性なN2ORを発現している脱窒菌群を特定することが可能である。本研究では、NativeなN2ORの二次元電気泳動条件について検討したので、途上であるが、その一部を報告する。材料及び方法:ペリプラズム
Posted On 20 10月 2014

P17-01 : 酵素反応を必要としない蛍光増幅技術を用いた環境微生物のmRNAの視覚的検出

大宮 恭平1 1長岡技科大・院・工・環境システム工・水圏土壌環境制御工 rRNAを標的としたfluorescence in situ hybridization (FISH) 法は, 系統分類学的な微生物の同定が可能であるが, 微生物機能を把握する事が困難である. 視覚的に原位置かつシングルセルレベルで微生物機能を把握する方法として, 特定の機能遺伝子やmRNAを標的とした高感度FISH法が有効である. 中でも蛍光増幅技術として酵素反応を用いるtyramide signal amplification (TSA)-FISH法が最も汎用されている. しかし, TSA
Posted On 20 10月 2014
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