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//GI: ゲノム (genome）

PH-113:

A GenomeNet resource for virus-host interaction network analyses

Mihara, Tomoko1, Nishimura, Yosuke1, Uehara, Hideya2, Hingamp, Pascal1,3, Goto, Susumu1, Ogata, Hiroyuki1 1Institute for Chemical Research, Kyoto University, 2SGI Japan, Ltd., 3Aix Marseille Universit_, CNRS Viruses infect a wide range of cellular organisms from higher animals to tiny
Posted On 06 10月 2015
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PH-126:

嫌気環境下で見出される未培養門細菌のゲノム再構成とその機能解明

関口 勇地1, Hugenholtz Philip2, 大橋 明子1, 山内 敏弘3 1産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門, 2Australian Centre for Ecogenomics, The University of Queensland, 3クボタ化水株式会社 環境中には未培養微生物により構成される高次分類群（未培養細菌門、綱など）が多数存在する。未培養細菌門は少なくても50門以上存在することが示されており、その機能解明は微生物学の重要なフロンティアの一つである。それら未培養細菌門の多くは嫌気環境下で見出されることが多いが、その培養は困難
Posted On 06 10月 2015
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PI-131:

Molecular mechanisms for sensing and responding to electrode potentials in Shewanella oneidensis MR-1

Hirose, Atsumi1, Kouzuma, Atsushi1, Watanabe, Kazuya1 1Tokyo Univ. Pharm. Life Sci. Shewanella oneidensis MR-1 has been studied as a model organism to elucidate how microbes generate electricity in bioelectrochemical systems (BESs). Previous studies have shown that potentials of worki
Posted On 06 10月 2015
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PI-132:

Operational taxonomic units (OTUs)-based analysis of swine gut microbiota in response to the treatment with tylosin, an antibiotic growth promoter (AGP)

Kim, Jungman1, Guevarra, Robin B. 1, Nguyen, Son G.1, Unno, Tatsuya1 1Jeju National University, Jeju-si, Jeju-do, Republic of Korea Antibiotics have been used extensively as growth promoters (AGPs) in food animal production. However, the use of AGPs in animal feeds was banned in devel
Posted On 06 10月 2015
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PI-145:

網羅的遺伝子発現解析を用いた増殖に伴う大腸菌の比重多様性の解明

佐々木 謙1,2, 水野 敬文2, 関口 勇地2, 青柳 秀紀1, 野田 尚宏2 1筑波大院・生命環境, 2産総研・バイオメディカル 　対数増殖期の細菌は、培地中の栄養源の枯渇や分泌物質の蓄積といった生育環境の変化を理由に定常期へと移行する。その移行の際には、細胞の小型化、細胞の球形化、核様体の凝集、細胞壁組成の変化などが起こることが一般的に知られているが、大腸菌では比重の多様性が変化することも知られている。既往の研究で、対数増殖期と定常期の大腸菌（単一株）培養液をPercoll密度勾配遠心したところ、各増殖期において比重が明確に異なる複数の細胞集団が生じることが
Posted On 06 10月 2015
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PI-146:

異なるプラスミドが宿主に与えるコストの評価

片岡 大亮1, 道羅 英夫2, 鈴木 智大2, 金原 和秀1, 新谷 政己1 1静大院・総合科技・工, 2静大，グリーン研 【目的】プラスミドは種々の微生物間を接合伝達によって伝播可能な遺伝子の運び手であり，微生物の急速な進化・適応に寄与する．プラスミドがどのような微生物に，どの程度の頻度で伝播するのか，またその宿主にどの程度の負荷を与えるのかという情報は，微生物生態を理解する上で重要である．我々は，IncP-1群に属するプラスミドpBP136の伝播可能な宿主の種類や伝達頻度を比較してきた．その過程で同一の菌株Pseudomonas putida mt-2株に由来
Posted On 06 10月 2015
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PJ-157:

Single-cell genome analyses of three dominant bacterial species in the gut of a higher termite

Yuki, Masahiro1, Starns, David2,3, Kuwahara, Hirokazu4, Hongoh , Yuichi2,4, Ohkuma, Moriya1,2 1RIKEN CSRS-BMEP, 2RIKEN BRC-JCM, 3Liverpool univ. IIB, 4Tokyo Inst. Tech The gut of wood-feeding higher termites harbors a complex bacterial community for lignocellulose digestion. Because t
Posted On 06 10月 2015
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PJ-158:

Complete genome sequencing of TC1 symbiont in Trimyema ciliate using PacBio sequencer

Shinzato, Naoya1, Saitoh, Seikoh1, Aoyama, Hiroaki1, Nikoh, Naruo3, Nakano, Kazuma2, Shimoji, Makiko2, Shinzato, Misuzu2, Satou, Kazuhito2, Teruya, Kuniko2, Hirano, Takashi2, Yamada, Takanori1, Park, Sanghwa1, Kamagata, Yoichi41TBRC, University of the Ryukyus, 2Okinawa Institute of Ad
Posted On 06 10月 2015
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PJ-159:

Why are homopolymeric tracts so frequent in endosymbiont genomes?

Kinjo, Yukihiro1, Tokuda, Gaku2, Hongoh, Yuichi3, Ohkuma, Moriya1 1Japan Collection of Microorganisms, RIKEN BioResource Center, 2Tropical Biosphere Research Center, University of the Ryukyus, 3Tokyo Institute of Technology Accuracy of an information transfer in the central dogma depe
Posted On 06 10月 2015
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PJ-174:

根部エンドファイトVeronaeopsis simplexから分離されたRhizobium sp. Y9株の全ゲノム解析

松岡 勇人1, Rida Khastini2, 郭 永1, 西澤 智康1, 成澤 才彦1 1茨城大・農, 2Sultan Ageng Tirtayasa Univ Veronaeopsis simplexは現在までに分離源の異なる3菌株(CBS 588.66、Y34およびIBA K45)が報告されており、Y34およびIBA K45は根部エンドファイトとして植物の生育促進効果を示すことが明らかとなっている。一方、3菌株に共通してRhizobium sp.が菌糸に内生または外生していることが確認されており、宿主菌類による植物への生育促進効果にも影響を及ぼすことから共生
Posted On 06 10月 2015
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協力団体：日本バイオインフォマティクス学会

協力団体：Japanese Consortium for Human Microbiome

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