Comparison of oligonucleotide and polynucleotide probes for enrichment of target genes from environmental metagenomes by in-solution capture hybridization

Tobino, Tomohiro1, Yamamoto, Kazuo1,2 1Univ. Tokyo, ESC, 2AIT Next generation sequencing allows for a rapid acquisition of metagenomic data from environmental samples. Without selection, however, shotgun sequencing often fails to cover the broad spectrum of the diversity of environmen
Posted On 06 10月 2015


Detection of uncultured Legionella spp. in cooling tower water samples by amoebic coculturing and quantitative PCR

Inoue, Hiroaki1,2, Agata, Kunio1, Ohta, Hiroyuki2 1Tsukuba Research Laboratories, Aquas Corporation, 2Ibaraki University College of Agriculture Legionella spp., the causal agent of Legionnaires’ disease, are found widely in aquatic environments and their growth and survival in artific
Posted On 06 10月 2015


Current systems shape bacterial community structure in the Sanriku coastal area, northwestern Japan

Kaneko, Ryo, Kobayashi, Yoko, Hamasaki, Koji, Shiozaki, Takuhei, Kogure, Kazuhiro Tokyo Univ. AORI In the Sanriku coastal area (SCA), physicochemical and biological properties changed extensively between seasons, and a unique feature of this area is the seasonal transition of 3 major
Posted On 06 10月 2015



服部 勉1, 服部 黎子1 1アチックラボ 前報では世界各地から採取した土のミクロ団粒を固定染色後、その超薄切片をTEM観察した結果を報告した。今回は、仙台市広瀬川河畔及び東北大川渡実験圃場の草地から採取したミクロ団粒を、DNB寒天平板上で約1ヶ月25℃で培養後、固定染色し、その超薄切片のTEM観察を行った。 (結果)前報の試料(非培養)の細菌像に比べ、培養試料の細菌像には、以下の特徴が認められた。 ①培養ミクロ団粒中の細菌の多くに、不自然な突起や割れ目など、極めて異常な形態が認められる。 ②前報の非培養ミクロ団粒に比べ、培養ミクロ団粒中の細菌の多くは、外膜と周囲
Posted On 06 10月 2015


RNA-Seq provides insights into the novel carbon monoxide metabolism in Carboxydothermus pertinax

Fukuyama, Yuto1, Ohmae, Kimiho1, Yoneda, Yasuko2, Takao, Kyosuke1, Honda, Takashi1, Yoshida, Takashi1, Sako, Yoshihiko1 1Kyoto univ. agri., 2AIST [Introduction] Anaerobic carboxydotroph can use carbon monoxide (CO), which is well-known toxic gas for most organisms, as energy and/or ca
Posted On 06 10月 2015



由井 嵐士1, 久保田 博子1, 餅原 弘樹1, 鈴木 渓1, 越智 章富2, 小暮 敏博3, 田代 陽介1, 二又 裕之1 1静大院・工, 2静大・工, 3東大院・理学系研究所 微生物が鉱物生成に関与していることが明らかになるに伴い、それらバイオミネラルの多様な形態や機能に多くの関心が持たれつつある。本研究室では、汽水湖底泥を接種源とした微生物燃料電池(MFC)負極上から、six-well plate法にて分離した微生物が生成するバイオミネラルが蓄電能を有することを見出している。そこで本研究では、生成微生物および生成物質を特定し、特性を明らかにすることを目的とし
Posted On 06 10月 2015


Effect of the Addition of Pantothenate and Its Precursors on Coenzyme A Content of Escherichia coli Expressing Exogeneous Pantothenate Kinase

Ogata, Yuta1, Chohnan, Shigeru2 1Tokyo Univ. of Agriculture and Technology, 2Ibaraki Univ. Coll. of Agriculture Background: Coenzyme A (CoA) plays a central role in carbon metabolism in vivo. Pantothenate kinase (CoaA) catalyzes the first committed step of the CoA biosynthetic pathway
Posted On 06 10月 2015

PJ-168 (JTK):

Isolation and selection of cellulolytic dark septate endophytic fungi that able to promote asparagus plant growth

Surono, Surono1, Narisawa, Kazuhiko1 1Tokyo University of Agriculture and Technology Isolation and selection of cellulolytic dark septate endophytic fungi that able to promote asparagus plant growth Surono1,2 and Kazuhiko Narisawa2,3 1Indonesian Soil Research Institute, Indonesia 2Uni
Posted On 06 10月 2015

PL-200 (JTK):

Endogenous hydrogen peroxide increases biofilm formation by inducing exopolysaccharide production in Acinetobacter oleivorans DR1

Jang, In-Ae1, Kim, Jisun1, Park, Woojun1 1Korea university We investigated the proteins that were differentially expressed in Acinetobacter oleivorans cells during planktonic and biofilm growth using two-dimensional gel electrophoresis combined with MALDI-TOF mass spectrometry. We foc
Posted On 06 10月 2015


Stenotrophomonas maltophiliap-クロロフェノールに対する走性センサーの同定

内田 智美1, 渡邉 祐子2, 荷方 稔之2, 柿井 一男2 1宇都宮大・工, 2宇都宮大院・工 【目的】Stenotrophomonas maltophilia はp-クロロフェノールや内分泌攪乱物質の疑いのあるビスフェノールA をはじめとする幅広いフェノール類に正の走性を示す。本細菌は12 の走化性センサー様遺伝子を有しており、フェノール類のセンシングに関与する走化性センサー遺伝子を同定することでより効率的なバイオレメディエーションへの応用が期待できる。これまでp-クロロフェノールに対する走性応答ではMcp5が主要な走性センサーであることが明らかとなっている。
Posted On 06 10月 2015