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PK-189:

Comparison of oligonucleotide and polynucleotide probes for enrichment of target genes from environmental metagenomes by in-solution capture hybridization

Tobino, Tomohiro1, Yamamoto, Kazuo1,2 1Univ. Tokyo, ESC, 2AIT Next generation sequencing allows for a rapid acquisition of metagenomic data from environmental samples. Without selection, however, shotgun sequencing often fails to cover the broad spectrum of the diversity of environmen
Posted On 06 10月 2015
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PK-190:

Letting Microorganisms escape loneliness and grow

Takagi, Yuki1, Kindaichi, Tomonori1, Ohashi, Akiyoshi1, Aoi, Yoshiteru1,2 1Hiroshima university, 2ISSD Over 99% of environmental microorganisms remain as yet uncultured. Although this phenomenon is essentially important, reason or mechanism has not been well revealed, and there have b
Posted On 06 10月 2015
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PK-191 (JTK):

Screening and Characterization of Biosurfactant-Producing Yeast

Kim, Jong-Shik1, Lee, In Kyoung2, Yun , Bong Sik2 1Gyeongbuk Institute for Marine Bioindustry, 2Chonbuk National University Biosurfactants have recently been recognized as important biotechnological products in biomedical, cosmeceutical, and potential food applications owing to their
Posted On 06 10月 2015
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PK-192 (JTK):

Molecular approach for detection of anaerobic anmmonium-oxidizing bacteria in sludge for livestock wastewater

Cho , Sunja Dept. of Microbiology, Pusan National University The purpose of this study was to identify anaerobic ammonium-oxidizing bacteria and to support quantitative PCR results which were performed for searching an effective seeding sludge to achieve successful enrichment of anaer
Posted On 06 10月 2015
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PK-193:

濾過フィルターのポアサイズの違いが水圏試料の微生物群集構造解析に与える影響

高橋 俊輔, 富田 順子, 久田 貴義, 西岡 かおり（株）テクノスルガ・ラボ 【目的】近年、次世代シーケンサーによる解析技術の発展により解析可能な塩基配列数が飛躍的に増加し、群集構造を構成するメジャーな菌種だけでなくマイナーな菌種の解析も可能となった。海水、地下水、河川水などの水圏試料を対象に群集構造解析を行う場合、一般的にポアサイズ0.2 μm〜0.65 μmのフィルターを用いて対象試料を濾過し、DNA抽出を行うことが多い。一方で、水圏試料中には、ポアサイズ0.2 μmのフィルターを通過するUltramicrobacteriaの存在が知られているが、水圏試料を
Posted On 06 10月 2015
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PK-194:

GeneFISH法を用いて富士山地下水を対象に脱窒細菌の機能遺伝子を シングルセルレベルで検出する試み

桝田 卓, 永翁 一代, 加藤 憲二 静大・院・理 富士山の地下は大量の地下水を蓄えており，滞留時間はおよそ25〜35年とされている(Tosaki et al., 2011)．富士山周辺地域における地下水の硝酸汚染の問題は以前から指摘されてきたが，茶畑周辺での硝酸汚染は地下水の滞留時間の長さもあり，回復が課題となっている．このような硝酸汚染を改善するために現場環境中の微生物による脱窒機能を活用する方法がある．脱窒を担う脱窒細菌の活性や群集構成を明らかにする研究はこれまで多く行われてきたが，環境中に存在する脱窒細菌の正確な定量は難しい．硝酸汚染が進んだ富士山地下水中
Posted On 06 10月 2015
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PK-195:

毛髪に付着する細菌のプロファイリングを利用した個人の異同識別

西 英二1,2, 田代 幸寛1, 酒井 謙二1 1九大院・生資環, 2大分県警・科捜研 【目的】 　毛髪試料は，犯罪現場から採取される機会が多い試料の1つである。しかし，毛髪試料からのDNA型検出率は低く，実際の犯罪捜査には十分に有効活用できていない。そこで，鑑定困難な毛髪に付着する細菌叢と容疑者から採取した毛髪の細菌叢のプロファイリングを比較することにより，容疑者の絞り込みが可能かどうかについて検討した。 【方法】 　　被験者16名から採取した頭毛をサンプルとし，最初の採取から3か月後及び6か月後まで追跡調査を行い，頭毛細菌叢の変動を検討した。また，一部の毛髪は
Posted On 06 10月 2015
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PK-196:

クリーン実験環境下におけるDNA汚染の影響評価

寺田 武志1, 諸野 祐樹2, 星野 辰彦2, 鈴木 剛人3, 佐藤 卓広3, 湯浅 久史3, 久保田 裕二3, 稲垣 史生2 1マリンワークジャパン, 2JAMSTEC高知コア研, 3興研株式会社 【目的】近年、分子生物学的技術の発展により、単一微生物細胞に由来する数フェムト（10-15）グラムのゲノムDNAからも遺伝子の増幅が可能となり、これまで解析自体が困難であった環境中の未培養系統群のゲノム解析も現実のものとなっている。一方で、環境からのDNA汚染は、検出技術が高度化するにつれ顕著な問題となっている。一般的に環境のクリーン度は0.1-0.3 μm程度の粒子
Posted On 06 10月 2015
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PK-197:

アンチセンス核酸による微生物群集での特異的な殺菌

木野 裕太1, 森 宙史2, 中島 信孝2 1東京工業大学生命理工学部生命工学科生命情報コース, 2東京工業大学大学院生命理工学研究科生命情報専攻 現在、抗生物質として利用されているものの多くは、抗菌スペクトルが広く、我々の健康や、環境を維持している多くの共生細菌まで殺してしまう。また、抗生物質の乱用は薬剤耐性細菌の出現を誘発するため問題視されている。そこで我々は、アンチセンス核酸を用いることにより、微生物群集の中からターゲットとする細菌だけを特異的に殺すことを目的とした本研究を立ち上げた。アンチセンス核酸は、人工的に合成したオリゴDNAやオリゴRNAあるいはオリ
Posted On 06 10月 2015
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PK-198 (JTK):

活性汚泥中に潜在する未培養アンモニア酸化細菌の分離培養

安部 拓磨, 牛木 章友, 藤谷 拓嗣, 常田 聡 早稲田大学大学院 先進理工学研究科 生命医科学専攻 【目的】アンモニア酸化細菌（Ammonia-Oxidizing Bacteria : AOB）はアンモニアを亜硝酸に酸化することでエネルギーを獲得する化学合成独立栄養細菌である。約1世紀前のNitrosomonas europaeaの分離培養を皮切りに，様々なAOBが平板培養法などによって獲得された。しかし，近年の分子生物学的手法の発展に伴い，獲得されたAOBよりも膨大な種類のAOBが検出され，未培養なAOBが環境中に潜在することが判明した。このことから，従来法
Posted On 06 10月 2015
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協力団体：日本バイオインフォマティクス学会

協力団体：Japanese Consortium for Human Microbiome

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