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//GI: ゲノム (genome）

PA-015:

三陸沖表層海水における微生物群集のトランスクリプトーム解析 -微生物間相互関係に関する研究-

藤村 玲子1, 金子 亮1, 小林 陽子1, 塩崎 拓平1,2, 木暮 一啓1 1東京大学大気海洋研究所, 2日本学術振興会学振PD 海洋には様々な系統の微生物群が混在するが、それぞれがどのような生態的役割をもち、群集構造を維持しているか明らかでない。特にいわゆる稀少系統群は、個体数は少ないものの実質的に多様性の維持を担うため、生態的機能や動態の解明が重要と考えられる。本研究は、環境DNA/RNAを用いた群集構造解析に加え、メタトランスクリプトーム解析を通じて潜在的活性が高い系統群の機能を明らかにし、個体群の相互関係及び群集の維持機構の解明を目的とした。 　海洋表
Posted On 06 10月 2015
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PH-111:

Evaluation of whole genome amplification methods for bacterial single-cell genomics.

Yamagishi, Keisuke, Mori, Tetsushi2,4, Maruyama, Toru, Ito, Michihiro2, Takeyama, Haruko 1Dept. of Life Sci. & Med. Biosci., Waseda Univ., 2CREST, JST, 3Res. Org. for Nano & Life Innovation, Waseda Univ., 4School of Creative Science and Engineering, Waseda Univ
Posted On 06 10月 2015
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PH-125:

滑走性マイコプラズマ（Mycoplasma mobile）の全ゲノムクローニング

大盛 佐和子1,2, 柿澤 茂行2, 花田 智1,2 1筑波大院・生命環境, 2産総研・生物プロセス 微生物は、多数の遺伝子が連動することで発現する高次機能を持つことが知られており、例えば感染性・病原性・運動性などが挙げられる。これらの高次機能を解明することは微生物学の発展に大きく寄与すると考えられるが、多数の遺伝子を含む巨大なゲノム断片を扱う困難さゆえ、その手法は限定されていた。この問題の克服のため、本研究ではマイコプラズマのゲノム断片を操作することで、その高次機能を解明することを目的とした。マイコプラズマはゲノムサイズが極めて小さい、全ゲノム移植に唯一成功した
Posted On 06 10月 2015
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PA-016:

454シーケンサーを用いた三陸沖における微小真核植物プランクトンの季節変動解析

片岡 剛文1, 山口 晴代1, 渡辺 剛2, 谷内 由貴子3, 桑田 晃2, 河地 正伸1 1国立研究開発法人 国立環境研究所 生物・生態系環境研究センター, 2国立研究開発法人 水産総合研究センター 東北区水産研究所, 3国立研究開発法人 水産総合研究センター 北海道区水産研究所 微小真核植物プランクトンは海洋に広く分布し、高い生物量と一次生産速度から、海洋生態系の重要な構成要素と考えられている。ここでは微小真核植物プランクトンとは、真核ピコと真核ナノ植物プランクトンを指すが、培養および顕微鏡での同定が困難な種が多く、群集組成の把握が困難であった。近年では18S
Posted On 06 10月 2015
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PH-113:

A GenomeNet resource for virus-host interaction network analyses

Mihara, Tomoko1, Nishimura, Yosuke1, Uehara, Hideya2, Hingamp, Pascal1,3, Goto, Susumu1, Ogata, Hiroyuki1 1Institute for Chemical Research, Kyoto University, 2SGI Japan, Ltd., 3Aix Marseille Universit_, CNRS Viruses infect a wide range of cellular organisms from higher animals to tiny
Posted On 06 10月 2015
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PH-126:

嫌気環境下で見出される未培養門細菌のゲノム再構成とその機能解明

関口 勇地1, Hugenholtz Philip2, 大橋 明子1, 山内 敏弘3 1産業技術総合研究所バイオメディカル研究部門, 2Australian Centre for Ecogenomics, The University of Queensland, 3クボタ化水株式会社 環境中には未培養微生物により構成される高次分類群（未培養細菌門、綱など）が多数存在する。未培養細菌門は少なくても50門以上存在することが示されており、その機能解明は微生物学の重要なフロンティアの一つである。それら未培養細菌門の多くは嫌気環境下で見出されることが多いが、その培養は困難
Posted On 06 10月 2015
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PB-034:

How are you living, Verrucomicrobia? What’s your life mode like?

二関 倫太郎1, 大塚 重人1, 伊藤 英臣2, 磯部 一夫1, 白鳥 豊3, 妹尾 啓史1 1東京大学・大学院農学生命科学研究科, 2産業技術総合研究所・北海道センター, 3新潟県農業総合研究所・基盤研究部 　代表的な難培養性細菌であるverrucomicrobia門は、土壌細菌が属す代表的な9つの門の1つであり（ISME J. 2009. 3:305-313）、土壌中の存在量が予想外に多く、時に優占することさえも示されているが（Soil Biol. Biochem. 2011. 43:1450-1455）、これまでに分離された培養株が非常に少なく、その生態や機
Posted On 06 10月 2015
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PH-114:

Comparative genomics of endomicrobial symbionts associated with distinct protist species in the termite gut

Izawa, Kazuki1, Kuwahara, Hirokazu1, Kihara, Kumiko1, Nathan, Lo2, Yuki, Masahiro3, Ohkuma, Moriya3,4, Hongoh, Yuichi1,4 1Tokyo Institute of Technology Graduate School of Bioscience, 2The University of Sydney School of Biological Science, 3RIKEN CSRS BMEP Biomass Research Platform Tea
Posted On 06 10月 2015
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OA-30:

Genomic analysis of coral-associated bacteria to understand coral-bacteria interactions.

OKUBO, Yusuke, ITO, Michihiro2, MARUYAMA, Toru, SHINZATO, Chuya2,4, GOTO, Susumu2,5, TAKEYAMA, Haruko 1Dept. of Life Sci. & Med. Biosci., Waseda Univ., 2CREST, JST, 3Res. Org. for Nano & Life Innovation, Waseda Univ., 4Marine Genomics Unit, OIST, 5Institute for Chemical Resear
Posted On 06 10月 2015
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PI-131:

Molecular mechanisms for sensing and responding to electrode potentials in Shewanella oneidensis MR-1

Hirose, Atsumi1, Kouzuma, Atsushi1, Watanabe, Kazuya1 1Tokyo Univ. Pharm. Life Sci. Shewanella oneidensis MR-1 has been studied as a model organism to elucidate how microbes generate electricity in bioelectrochemical systems (BESs). Previous studies have shown that potentials of worki
Posted On 06 10月 2015
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協力団体：日本バイオインフォマティクス学会

協力団体：Japanese Consortium for Human Microbiome

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