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//GI: ゲノム (genome）

OH-03:

プロテオロドプシンを持つ海洋細菌の有光層への適応に寄与する２つの遺伝子、SbtAとDUF2237

熊谷 洋平1, 吉澤 晋1, 福永 津嵩2, 渡辺 麻衣3, 池内 昌彦3, 小椋 義俊4, 林 哲也4, 木暮 一啓1, 岩崎 渉1,5 1東京大学 大気海洋研究所, 2東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻, 3東京大学 大学院総合文化研究科 広域科学専攻 生命環境科学系, 4九州大学 医学研究院 基礎医学部門, 5東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻 プロテオロドプシン(PR)はタンパク質のオプシンと発色団のレチナールから成る複合体で、光エネルギーから細胞膜を介したプロトン駆動力を生成する。プロトン駆動力はATP合成にも使われるた
Posted On 06 10月 2015
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PI-145:

網羅的遺伝子発現解析を用いた増殖に伴う大腸菌の比重多様性の解明

佐々木 謙1,2, 水野 敬文2, 関口 勇地2, 青柳 秀紀1, 野田 尚宏2 1筑波大院・生命環境, 2産総研・バイオメディカル 　対数増殖期の細菌は、培地中の栄養源の枯渇や分泌物質の蓄積といった生育環境の変化を理由に定常期へと移行する。その移行の際には、細胞の小型化、細胞の球形化、核様体の凝集、細胞壁組成の変化などが起こることが一般的に知られているが、大腸菌では比重の多様性が変化することも知られている。既往の研究で、対数増殖期と定常期の大腸菌（単一株）培養液をPercoll密度勾配遠心したところ、各増殖期において比重が明確に異なる複数の細胞集団が生じることが
Posted On 06 10月 2015
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PH-105:

Sphingomonas属プラスミドpYAN-2の非コードDNA領域による安定分配機構の解析

鳥井 隆史, 小島 由夏, 久留主 泰朗 茨城大学農学部 　プラスミドは細胞内で染色体とは独立して複製し、安定的に娘細胞へと分配される。この分配機構は遺伝子工学的な観点において非常に重要であり、いくつかの安定分配機構は明らかになってきた。 我々は多環芳香族炭化水素分解能に優れたSphingobium yanoikuyaeからpYAN-2を分離同定し、このプラスミドが自身の非コードDNA領域のみに依存した分配を行うcis分配システムを持つこと、その非コードDNA領域であるpar-siteが、par-siteを持たない不安定な大腸菌プラスミドpSC101を安定化させる
Posted On 06 10月 2015
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PH-118:

Metagenome-mapping method discriminates native and inoculant populations of soybean bradyrhizobia in agricultural soil

金原 一真1, 板倉 学1, 鶴丸 博人1, 星野（高田） 裕子2, 王 勇2, 秋山 博子2, 早津 雅仁2, 南澤 究1 1Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, 2National Institute for Agro-Environmental Sciences Legume productivity in an agricultural field could be improved by inoculation with effective rhizobia. However, fiel
Posted On 06 10月 2015
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OH-04:

比較ゲノム解析が明らかにする亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの生態学的ニッチ

牛木 章友1, 藤谷 拓嗣1, 関口 勇地2, 常田 聡1 1早大院・生医, 2産総研 【背景】亜硝酸酸化は排水処理場における生物学的窒素除去プロセスの重要な反応であり、主にNitrospira属に属する細菌群が担っている。排水処理槽内には系統学的に異なる2種類のNitrospira群が生息しており、生理学的性質の違いを基に棲み分けしていることが報告されている。しかしながら、Nitrospiraは分離培養が困難な微生物であるため、その性質の多くは調査できず、Nitrospira群の棲み分けは謎に包まれている。本研究では、排水処理槽内から分離培養した2系統のNitr
Posted On 06 10月 2015
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PI-146:

異なるプラスミドが宿主に与えるコストの評価

片岡 大亮1, 道羅 英夫2, 鈴木 智大2, 金原 和秀1, 新谷 政己1 1静大院・総合科技・工, 2静大，グリーン研 【目的】プラスミドは種々の微生物間を接合伝達によって伝播可能な遺伝子の運び手であり，微生物の急速な進化・適応に寄与する．プラスミドがどのような微生物に，どの程度の頻度で伝播するのか，またその宿主にどの程度の負荷を与えるのかという情報は，微生物生態を理解する上で重要である．我々は，IncP-1群に属するプラスミドpBP136の伝播可能な宿主の種類や伝達頻度を比較してきた．その過程で同一の菌株Pseudomonas putida mt-2株に由来
Posted On 06 10月 2015
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PH-106:

A viral proteomic tree server and its application to a marine metagenomic study

Nishimura, Yosuke1, Mihara, Tomoko1, Yoshida, Takashi2, Hingamp, Pascal3, Ogata, Hiroyuki1, Goto, Susumu1 1Institute for Chemical Research, Kyoto University, 2Graduate School of Agriculture, Kyoto University, 3Aix Marseille Universit_, CNRS, IGS UMR 7256, Marseille, France Viruses are
Posted On 06 10月 2015
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PH-120:

Functional classification of uncultured “Ca. Caldiarchaeum subterraneum” using the Maple System

Takami, Hideto1, Arai, Wataru1, Takemoto, Kazuhiro2, Uchiyama, Ikuo3, Taniguchi, Takeaki4 1JAMSTEC, 2Kyushu Institute of Technology, 3National Institute of Basic Biology, 4Mitsubishi Research Institute The MAPLE system was employed to establish a functional classification of archaeal
Posted On 06 10月 2015
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OH-05:

MAPLE Ver.2.1による生理・代謝機能ポテンシャルの比較メタゲノム解析

荒井 渉1, 谷口 丈晃2, 五斗 進3, 竹本 和弘4, 守屋 勇樹3, _見 英人1 1JAMSTEC・資源, 2三菱総研・人間, 3京大・化研, 4九工大 我々は、微生物生態系が持つ機能ポテンシャルの解明を目的として、メタゲノム配列から生理・代謝機能を評価するシステムMAPLE(Metabolic And Physiological PotentiaL Evaluator)を開発し、公開中である(http://www.genome.jp/tools/maple/)。MAPLEはKEGGデータベースを基盤として、微生物コミュニティーの持つ生理・代謝機能ポテンシ
Posted On 06 10月 2015
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PJ-157:

Single-cell genome analyses of three dominant bacterial species in the gut of a higher termite

Yuki, Masahiro1, Starns, David2,3, Kuwahara, Hirokazu4, Hongoh , Yuichi2,4, Ohkuma, Moriya1,2 1RIKEN CSRS-BMEP, 2RIKEN BRC-JCM, 3Liverpool univ. IIB, 4Tokyo Inst. Tech The gut of wood-feeding higher termites harbors a complex bacterial community for lignocellulose digestion. Because t
Posted On 06 10月 2015
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協力団体：日本バイオインフォマティクス学会

協力団体：Japanese Consortium for Human Microbiome

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