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//GI: ゲノム (genome）

PH-118:

Metagenome-mapping method discriminates native and inoculant populations of soybean bradyrhizobia in agricultural soil

金原 一真1, 板倉 学1, 鶴丸 博人1, 星野（高田） 裕子2, 王 勇2, 秋山 博子2, 早津 雅仁2, 南澤 究1 1Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, 2National Institute for Agro-Environmental Sciences Legume productivity in an agricultural field could be improved by inoculation with effective rhizobia. However, fiel
Posted On 06 10月 2015
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OH-04:

比較ゲノム解析が明らかにする亜硝酸酸化細菌Nitrospiraの生態学的ニッチ

牛木 章友1, 藤谷 拓嗣1, 関口 勇地2, 常田 聡1 1早大院・生医, 2産総研 【背景】亜硝酸酸化は排水処理場における生物学的窒素除去プロセスの重要な反応であり、主にNitrospira属に属する細菌群が担っている。排水処理槽内には系統学的に異なる2種類のNitrospira群が生息しており、生理学的性質の違いを基に棲み分けしていることが報告されている。しかしながら、Nitrospiraは分離培養が困難な微生物であるため、その性質の多くは調査できず、Nitrospira群の棲み分けは謎に包まれている。本研究では、排水処理槽内から分離培養した2系統のNitr
Posted On 06 10月 2015
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PI-146:

異なるプラスミドが宿主に与えるコストの評価

片岡 大亮1, 道羅 英夫2, 鈴木 智大2, 金原 和秀1, 新谷 政己1 1静大院・総合科技・工, 2静大，グリーン研 【目的】プラスミドは種々の微生物間を接合伝達によって伝播可能な遺伝子の運び手であり，微生物の急速な進化・適応に寄与する．プラスミドがどのような微生物に，どの程度の頻度で伝播するのか，またその宿主にどの程度の負荷を与えるのかという情報は，微生物生態を理解する上で重要である．我々は，IncP-1群に属するプラスミドpBP136の伝播可能な宿主の種類や伝達頻度を比較してきた．その過程で同一の菌株Pseudomonas putida mt-2株に由来
Posted On 06 10月 2015
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PH-106:

A viral proteomic tree server and its application to a marine metagenomic study

Nishimura, Yosuke1, Mihara, Tomoko1, Yoshida, Takashi2, Hingamp, Pascal3, Ogata, Hiroyuki1, Goto, Susumu1 1Institute for Chemical Research, Kyoto University, 2Graduate School of Agriculture, Kyoto University, 3Aix Marseille Universit_, CNRS, IGS UMR 7256, Marseille, France Viruses are
Posted On 06 10月 2015
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PH-120:

Functional classification of uncultured “Ca. Caldiarchaeum subterraneum” using the Maple System

Takami, Hideto1, Arai, Wataru1, Takemoto, Kazuhiro2, Uchiyama, Ikuo3, Taniguchi, Takeaki4 1JAMSTEC, 2Kyushu Institute of Technology, 3National Institute of Basic Biology, 4Mitsubishi Research Institute The MAPLE system was employed to establish a functional classification of archaeal
Posted On 06 10月 2015
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OH-05:

MAPLE Ver.2.1による生理・代謝機能ポテンシャルの比較メタゲノム解析

荒井 渉1, 谷口 丈晃2, 五斗 進3, 竹本 和弘4, 守屋 勇樹3, _見 英人1 1JAMSTEC・資源, 2三菱総研・人間, 3京大・化研, 4九工大 我々は、微生物生態系が持つ機能ポテンシャルの解明を目的として、メタゲノム配列から生理・代謝機能を評価するシステムMAPLE(Metabolic And Physiological PotentiaL Evaluator)を開発し、公開中である(http://www.genome.jp/tools/maple/)。MAPLEはKEGGデータベースを基盤として、微生物コミュニティーの持つ生理・代謝機能ポテンシ
Posted On 06 10月 2015
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PJ-157:

Single-cell genome analyses of three dominant bacterial species in the gut of a higher termite

Yuki, Masahiro1, Starns, David2,3, Kuwahara, Hirokazu4, Hongoh , Yuichi2,4, Ohkuma, Moriya1,2 1RIKEN CSRS-BMEP, 2RIKEN BRC-JCM, 3Liverpool univ. IIB, 4Tokyo Inst. Tech The gut of wood-feeding higher termites harbors a complex bacterial community for lignocellulose digestion. Because t
Posted On 06 10月 2015
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PH-107:

Molecular analysis of octylphenol degradation by Sphingobium amiense strain YTT

Ootsuka, Mina1, Kanesaki, Yu2, Yoshikawa, Hirofumi2, Yoshioka-Ikunaga, Yoko1, Nishizawa, Tomoyasu3, Kurusu, Yasurou3, Ohta, Hiroyuki3 1Tokyo University of Agriculture and Technology, 2Tokyo University of Agriculture, 3Ibaraki University Octylphenol (OP) and nonylphenol (NP) are known
Posted On 06 10月 2015
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PH-121:

菌叢情報と疫学データの統合解析に向けた疫学データ解析のデータ整備と統計手法の開発

伊東 泰雄1, 水谷 紗弥佳1, 西本 悠一郎1, 谷内田 真一2, 山田 拓司1 1東工大・院生命理工・生命情報, 2国立がん研究センター研究所がんゲノミクス研究分野 　本研究では、食習慣や生活習慣などの大規模疫学データと腸内細菌メタゲノムデータを統合的に解析することにより、食習慣や生活習慣と腸内細菌の変動とがん発症への一連の関連性を明確にし、がん予防や発がんリスクなどを評価する新たな知見を得ることを目的としている。 　食習慣や生活習慣に関する疫学研究により、食事などによるがん発症のリスクが報告されている。また、腸内細菌の研究により、食習慣の違いによる腸内細菌群
Posted On 06 10月 2015
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OH-06:

Large-scale metagenomic analysis of the Japanese gut microbiome

西嶋 傑1, 須田 亙1,2, 大島 健志朗1, 金 錫元3, 飯岡 絵里香1, 木内 美沙1, 進藤 智絵1, 山下 直子1, 黒川 李奈1, 小宮 恵子1, 森田 英利4, 服部 正平1,51東大・新領域, 2慶應大・医, 3理研・IMS, 4岡山大・環境, 5早大・理工 Human gut microbiome is composed of over 100 trillion of microbes and has profound influences on host’s physiology. Recent development of next-gen
Posted On 06 10月 2015
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協力団体：日本バイオインフォマティクス学会

協力団体：Japanese Consortium for Human Microbiome

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