S13-01 : 微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」

森 宙史2,藤澤 貴智3,千葉 啓和4,山本 希1,鈴木 真也2,菅原 秀明3,内山 郁夫4,中村 保一3,黒川 顕1,2 1東京工業大学地球生命研究所, 2東京工業大学大学院生命理工学研究科, 3国立遺伝学研究所生物情報研究センター, 4基礎生物学研究所ゲノム情報研究室 ライフサイエンス研究において、知識の集積体であるデータベース(DB)は、知識の参照のみならず、新たな研究分野を切り拓く上で必須となる極めて重要な研究基盤である。ライフサイエンス研究の中でも、微生物研究は歴史も古く、これまで蓄積されたデータや知識は多様かつ膨大である。さらに、ゲノム科学の発展や新型
Posted On 20 10月 2014

S13-02 : メタゲノムアプローチによるバイオレメディエーション普及に向けた生態系評価技術の開発

木村 信忠1 産業技術総合研究所生物プロセス研究部門 日本国内には土壌汚染の対策費が多額となるため土地売却が困難と考えられる土地(ブラウンフィールド)が存在し、円滑な土地取引や土地利用など経済活動を阻害している。バイオレメディエーション(Bioremediation)は生物の代謝能を利用して汚染物質を分解することで土壌や地下水等の環境汚染の浄化を図る技術で、中でも、微生物によるバイオレメディエーションは低コストかつ投入エネルギーも少ない環境に優しい技術として利用拡大が期待されている。バイオレメディエーションには、栄養源や酸素を加えて浄化現場の土着微生物の浄化能力を
Posted On 20 10月 2014

S13-04 : メタゲノム解析から見た深海と海底下生態系の機能ポテンシャル

高見 英人 JAMSTEC メタゲノム解析は、ヒト、動物、昆虫や植物に常在する微生物叢の構成とその役割や自然環境に形成された様々な微生物生態系の多様性解析に欠くべからざる方法論として、広く用いられている。しかし、その多くは、16S rRNA遺伝やある特定の遺伝子のみを用いた種の多様性解析が主であり、微生物生態系全体が持つ機能とそれを担う微生物の分類学的特徴、また環境中に存在する生理・代謝機能の冗長性などを主体とした議論はあまりなされていない。これは、メタゲノム配列から、微生物の様々な生理・代謝機能を評価する方法論がまだ確立していないためである。  そこで我々の研究
Posted On 20 10月 2014

S13-05 : 液状きゅう肥長期連用畑地土壌の窒素循環と微生物生態系

石川 美友紀1,奈良岡 雅大1,藤村 玲子2,高見 英人3,新美 洋4,西澤 智康5,太田 寛行5 1茨城大学大学院 農学研究科, 2東京大学 大気海洋研究所, 3海洋研究開発機構 海洋•極限環境生物圏領域, 4九州沖縄農業研究センター 畑作研究領域, 5茨城大学 農学部 農業での窒素施肥は温室効果ガス(N2O)の発生や地下水の硝酸汚染等の環境問題につながるため、窒素の動態に関わる土壌微生物生態系の理解は極めて重要といえる。窒素循環では細菌が主役になると理解されてきたが、近年、アンモニア酸化アーキアや脱窒糸状菌が発見され、窒素循環を担う微生物の多様性がわかってきた
Posted On 20 10月 2014

S13-06 : 腸内細菌代謝経路データベースの構築

山田 拓司 1東京工業大学 生命理工学研究科 生命情報専攻 ヒト腸管内には数多くの細菌が我々とともに共生しており、複雑な生態系を構築している。シーケンサーの技術的な発展やメタゲノム解析の登場により、培養を介さずに網羅機に細菌群集を解析対象とすることが可能となった。これまでには取り扱いが困難であった難培養性細菌も数多く明らかになりつつある。腸管内共生菌はビタミンの合成や短鎖脂肪酸分解系など、特徴的な代謝機能を持っており、さらには、細菌群集として複数種の細菌種が協調して働く例も報告されている。このような細菌の代謝機能は既存のデータベースに遺伝子とその反応経路が対応付け
Posted On 20 10月 2014