P17-05 : 次世代シーケンス解析におけるIndex PCR法は本当に有効な方法なのか?

高橋 俊輔1,富田 順子1,久田 貴義1,西岡 かおり1 1(株)テクノスルガ・ラボ 【目的】近年、次世代シークエンサーの導入により解析可能な塩基配列数が飛躍的に増加し、多検体の同時解析が可能となった。しかし、多検体の同時解析には、多くのプライマーを合成しなくてはならず、初期コストの増加につながる。現在、イルミナMiSeqを用いた解析では、Dual Indexプライマーを用いることにより、プライマー合成コストを抑制することが可能である。さらに、イルミナより、Index PCR法(2 Step PCRによるIndexの付与)がリリースされた。Index PCR法を用
Posted On 20 10月 2014

P17-06 : メタゲノム手法と培養法:酵素遺伝子スクリーニングのための手法間の比較解析

末永 光1,水田 志織1,宮崎 健太郎1,矢追 克郎1 1産総研・生物プロセス 【目的】 産業用酵素の供給源の多くは微生物であるが、環境中の微生物の大部分は培養困難という従来の微生物スクリーニング法の限界を受け、遺伝子資源探索にメタゲノム手法が導入された。以降、メタゲノム手法の優位性を示す多数の報告があるものの、その多くは16S rRNA遺伝子配列に基づく系統学的な解析であった。そこで本研究においては、実際に活性を保有する酵素遺伝子を機能スクリーニングにより取得し、環境中からの遺伝子資源取得という目的において、メタゲノム手法は微生物培養法を凌駕するのか(しないのか
Posted On 20 10月 2014

P17-07 : Droplet-based 16S rRNA gene-targeted PCR improves the quantitative performance of microbial community structure determination using next-generation DNA sequencing

Tourlousse Dieter Maurice1,大橋 明子1,野田 尚宏1,関口 勇地1 1産総研・バイオメディカル Massively parallel sequencing of 16S rRNA (16S) gene amplicons has become a cornerstone technique for determining the composition and structure of complex microbial communities in natural and engineered ecosystems. However,
Posted On 20 10月 2014
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