微生物生態学会和文誌

総説

微生物間相互作用から考える未培養微生物の培養戦略　　鈴木　陸太、青井　議輝

本報では、微生物間の相互作用とその重要性について詳しく説明している。特に、「多くの微生物はなぜ培養できないのか？」という疑問を、「これまでの培養手法ではなぜ培養できなかったのか？」という視点で考えることで、微生物間相互作用を軸にした新規培養手法の開発と実証について概説している。

Biomass 4.0：微生物による脱光合成型CO₂ 資源化技術の可能性　　加藤　創一郎

従来の光合成に代わる次世代型CO₂資源化技術「Biomass 4.0」を詳細に解説している。非光合成微生物とマテリアル技術を組み合わせた革新的なアプローチにより、従来の方法を大幅に上回る効率でのバイオマス生産の可能性を示している。微生物電気合成、水素酸化細菌の活用、触媒電解CO₂還元と微生物変換の組み合わせなど、最先端の技術を網羅的に紹介しながら、将来の課題や新たな微生物学分野の創出可能性にも言及しており、バイオテクノロジーの未来を垣間見ることができる興味深い内容となっている。

世界に羽ばたく

日本で学び，ドイツで育ち，また日本での新たなる戦いへ　　中野　亮平

京都大学で学び、ドイツのマックスプランク植物育種学研究所で10年間にわたり植物微生物相互作用の研究に従事した中野先生。現在は北海道大学で新たな研究室を立ち上げ、持続可能な農業や環境保全に貢献することを目指し研究を進めている。本稿では、国際的な研究経験を持つ中野先生の、異文化での研究生活や新たな研究室立ち上げの苦労、そして将来の展望について紹介している。

世代を超えて

諦念、そして新たな挑み　　福井　学

福井先生は、日本とドイツでの研究を通じて微生物生態学の発展に貢献してきた。博士課程では硫酸還元菌の研究で成果を上げ、シングルオーサーとして論文を発表。その後、ドイツでの研究生活に挑戦し、環境の違いや言語の壁に直面しながらも、微生物の多様性と生態系サービスへの理解を深めてきた。また、微生物生態学会の教育部会に所属するなど、教育活動にも熱心に取り組んでいる。本稿では、福井先生の長年にわたる研究者としてのキャリアと、次世代育成への熱意や微生物生態学への深い洞察について詳しく紹介してもらった。

扉を開く

Crossing cultures in interdisciplinary microbiology　　Jackson M. Tsuji　（JAMSTEC）

小学生の時にイエローストーン国立公園でダイナミックな地球の活動に感銘を受け、その後カナダのWaterloo大学で博士号を取得したTsuji先生。学術振興会特別研究員として来日し、現在はJAMSTECの若手研究員として研究を続けています。International Symposia on Microbial Ecology（ISME）で得た貴重な経験、異なる研究室ごとの微妙な違いに適応するためのコツ、そして日本にいるあるいは来日を検討している研究者や、海外に出ようと考えている日本の若手研究者へのアドバイスなど幅広い内容をご執筆いただきました。

世代を超えて

常識への挑戦、生成AIなら疑っただろうか？　　正木 春彦

毒素タンパク質コリシンをはじめとするタンパク質間相互作用の研究に従事された正木先生に、アミノ酸進化、Dアミノ酸の存在、バクテリアのコロニー形成メカニズムなど、常識を疑いつつ新たな研究への道を見つけたエピソードを紹介いただきました。

学会賞受章の言葉

第1回学会賞の受賞に寄せて：微生物生態学の裾野を広げよう！　　南澤 究　（東北大学）

受賞タイトルは「微生物と宿主植物との共生機構ならびに共生を通じた物質循環機構の解明，及び Microbes and Environments 誌の国際展開に対する貢献」。40年以上にわたり、植物共生細菌の多様性と物質循環機能を軸に研究を続けてこられました。研究業績のみならず、M&E誌の編集委員長や会長も経験、学会の名物である「自由闊達な雰囲気づくり」に尽力されました。今も市民参加型のムーンショットプロジェクト「地球冷却微生物を探せ」を展開しており、微生物生態学分野のさらなる発展に向けたリーダーシップに貢献いただけると心強いメッセージをいただきました。

奨励賞受賞の言葉

日本微生物生態学会奨励賞の受賞に寄せて　　堀 知行　（産業技術総合研究所）

受賞タイトルは「自然・工学的環境における微生物コミュニティの理解と利用」。微生物で地球の環境を良くしたいとの思いが研究のモチベーション。自由に研究に取り組むことができたことに感謝していると語っていただきました。厳しい状況でも希望を持ち、次の世代へのバトン継承に努めますとお言葉をいただきました。

総説

Candidate phyla radiation (CPR)/Candidatus Patescibacteriaの実態を廃水処理システムの視点から理解する

黒田　恭平，成廣　隆，藤井　直樹，中島　芽梨，景政　柊蘭，中井　亮佑，佐藤　久，久保田健吾，金田一智規

本報では主に廃水処理システムに生息するCandidatus Patescibacteriaを対象とし，フィルターろ過による濃縮技術の開発，rRNA 情報を利用した Ca. Patescibacteria の評価技術の開発，ショットガンメタゲノム解析に基づく生態学的機能の推定，培養法に基づく新奇な寄生/共生関係の発見などに関する最新の報告について概説する。

無酸素環境に棲息する新門Atribacterota門（旧OP9）細菌の生理生態　片山 泰樹, 玉木 秀幸

著者らの所属研究機関では，これまでに様々な環境から3つの新門に帰属する細菌株の純粋培養に成功し新学名の提案を行ってきた。本稿では，古くからその存在が知られていながら永く未培養門であり続けたOP9候補門の初の純粋分離株の獲得に至った経緯と培養によって初めて明らかとなったAtribacterota門細菌のユニークな生理生態機能について概説する。

リサーチ最前線（第35回大会の優秀ポスター賞受賞者からエディターズチョイス）

メタン酸化細菌コミュニティーを決定する環境因子　　　　　蒲原　宏実　　広島大学

本研究ではメタン濃度，pH，アンモニウム濃度の異なる38基のDown-flow hanging spongeリアクターを用いてメタン酸化細菌を培養し，メタン酸化細菌のコミュニティーにおいて優占するTypeを決定する環境因子がpHとアンモニウムであることの特定に成功した。

原核生物の進化も選択の連続である　　　　　　　　　　　　大前　公保　　東京大学

遺伝子の二者択一進化が起こる要因は大きく2つあり，1つは「機能の代替」であり，もう一つは「異なる適応戦略の採択」である。本研究では，原核生物で起こった遺伝子の二者択一進化を網羅的に解析した結果，エネルギー生産や脂質代謝などの特定の機能で遺伝子の二者択一進化が起こりやすいことや環境変化に応じてより適応的な遺伝子が選ばれることなどの事実を明らかとした。

難培養微生物の重要性：ラボ内で構築・理解する複合系における微生物相互作用　　中原　　望　　産業技術総合研究所

本研究は，難培養微生物であるCloacimonadota門(WWE1門)の分離株を対象に水溶性タンパク質の中でも特に熱力学的に難分解性の分岐鎖アミノ酸を利用すること，ラボ内で再構築したプロピオン酸酸化系においてメタン生成アーキアと共生するとより生育が早くなるとともにプロピオン酸分解速度とメタン生成速度が向上する傾向があることを明らかとした。

リサーチ最前線

ミクルアーキアの最前線　　酒井　博之

アーキアが優占する数少ない自然環境の1つである陸上の酸性温泉から分離・記載されたアーキアはわずか40種程度である。ご自身で培養に成功したこれまでの定説を覆す生理生態を持つ寄生性新奇アーキアを含むDPANN群とミクルアーキアの最前線について，酒井博士にご紹介いただきました。

ナノアーキア研究の現状と展望　　加藤　真悟　　理化学研究所

そのほとんどが未培養であることから「微生物ダークマター」の代表格といえるDPANNアーキアの中でも特に「Nanoarchaeota」に属するナノアーキアに焦点を絞り，培養によって明らかにされた生理学的特徴を，ご自身の研究報告例も交えて加藤博士にご紹介いただきました。

世代を超えて

カルチャーコレクションと培養力　　伊藤　隆　理化学研究所

JCMで長年に亘りアーキアや関連する細菌（主に嫌気性，好熱性，好塩性の細菌）菌株の収集・保存に携わっていらっしゃった伊藤隆博士に，特定の微生物株を実験室にて培養する能力・力量を意味する培養力についてご自身の経験やお考えについて詳細に解説していただきました。

総説

機能未知遺伝子の機能を推測するバイオインフォマティクス：AlphaFoldから遺伝子誕生学へ　　岩崎　渉　東京大学

バイオインフォマティクスという言葉が定着した1990年代から現在に至るまで，シーケンス技術の急速な進化や公共データベースの拡充，ディープラーニング技術を用いてアミノ酸配列からタンパク質の立体構造を極めて正確に予測するソフトウェアAlphaFoldの登場など，21世紀の生物学分野における革命的な変化について本稿では著者らが明らかにしてきた研究成果の一部とともに概説する。

ゲノムから読み解く細菌間コミュニケーションの多様性　　諸星　知広，櫻岡　良平，染谷　信孝

現在の生物学において，単細胞生物である細菌も周囲の仲間や他の微生物，植物，動物とコミュニケーションを取り合いながら社会的な活動を行っていることはすでに常識となっている。これらのコミュニケーションには，我々人間の世界で言う「言語」としてのシグナル物質を介した情報伝達機構が用いられている。本稿では，数ある細菌間コミュニケーション機構の一つであるQuorum Sensingについて著者らの研究成果とともに紹介する。

リサーチ最前線（第34回大会の優秀ポスター賞受賞者からエディターズチョイス）

難培養性細菌ゲノムを広く活用可能にするために　　水谷　雅希

培養を介さないメタゲノム解析手法では遺伝子のノックアウトや過剰発現による遺伝子機能の解析が困難であるが，筆者らは酵母TAR (Transformation-Associated Recombination) 法を利用することで難培養性昆虫共生細菌の全ゲノム (0.1-0.2 Mb) や0.6-0.7 Mb程度のゲノムサイズを有する細菌種の複数ゲノム断片を酵母内にクローニングすることに成功した。

新たな三者共生系の解明　昆虫－カビ－バクテリアの三者共生系　　石神　広太

筆者らはホソヘリカメムシとBurkholderia属細菌の共生関係に着目し，土表面に置かれたホソヘリカメムシの死骸表面にカビが生えることを発見した。Burkholderiaと死骸分解性カビCunninghamellaの関係性を解析した結果，Burkholderiaの宿主からの脱出や土壌中での分散だけでなくホソヘリカメムシ－Burkholderia相利共生系の進化においてカビが重要な役割を果たしている可能性が強く示唆された。

扉を拓く

顕微ラマン分光法で読み解く微生物の姿　　菅野菜々子　　関西学院大学

本稿では，細胞を構成するタンパク質・脂質・核酸などの生体分子情報から成る「ラマンスペクトル」を1細胞レベルで取得し解析する「顕微ラマン分光法」との出会いや具体的な研究内容とその面白さについて菅野菜々子博士に紹介していただきました。

世代を超えて

私の学業分野と微生物生態学―工学と理学（科学）の視点の相違性と相互性　遠藤銀朗　東北学院大学工学総合研究所

土木工学の中でも多くの異分野との融合が求められてきた衛生工学・環境工学を学業上のバックグランドとされる遠藤先生に，土木工学分野を中心に工学と理学の学術的目的意識の違いと相互に関連し融合しあう必要性などについて，丁寧にわかりやすく解説していただきました。

扉を拓く – 活躍する若手

微生物ダークマターを培養する　　　　　　　　　片山　泰樹（産業技術総合研究所）

候補門’Atribacteria’（旧名OP9）に属する細菌の純粋培養に初めて成功し，2020年12月にNature Communications誌で発表された片山先生に，いかにして微生物ダークマターたる候補門の扉を拓いたかについてご紹介いただきました。

世代を超えて

走馬灯のように　　　　　　　　　　　　　　　　犬伏　和之

嫌気性菌におけるメタン生成と硫酸還元の競合関係など、水田土壌微生物の研究を牽引してらした犬伏先生に，フィリピンにある国際稲研究所や英国ロザムステッド試験場でのご研究やご帰国後の幅広い微生物生態研究のお話を通して若手の読者へ研究の楽しさを伝えていただきました。

リサーチ最前線

湖沼の微生物生態系が教えてくれること　　　　　岡﨑　友輔

火山や地殻活動に富む日本は急峻な地形の中に世界でも類をみないほど多様な湖を擁しているにも関わらず，同じ水圏でも海洋と比べると湖沼の微生物生態研究例は少ない。本稿では，岡崎先生に湖沼微生物生態研究の最前線をご紹介いただきました。

総説

共生研究のためのモデル系：ホソヘリカメムシと Burkholderia の魅力
竹下　和貴，石神　広太，Jang Seonghan，菊池　義智

多くの昆虫の体内外に存在している共生微生物は，不足する必須栄養素の供給など宿主昆虫の生存に必須の役割を果たしている。中でも絶対共生微生物は，ゲノム情報が気軽に利用できるようになった現在でも培養が困難である。本稿では，ホソヘリカメムシ－バークホルデリア腸内共生系モデルを用いて著者らが明らかにしてきた研究成果の一部を紹介する。

特集

新型コロナウイルス対応社会における研究のあり方を模索するキャリアパス・ダイバーシティ推進委員会および和文誌編集委員会共同企画

（コロナ渦における研究・就職活動や海外留学，ウイルス研究などについてご執筆いただいた7名の方からエディターズチョイス）

COVID-19 大流行時の米国留学　　　佐藤　由也

2019年10月から1年間マサチューセッツ工科大学 (MIT) にご家族で留学されていた佐藤先生に，COVID-19の蔓延に伴う米国での研究活動・生活の変化などについてご経験やお考えをご紹介いただきました。

コロナと研究と学会と社会　　　木暮　一啓

COVID-19の蔓延に伴って生じる様々な疑問に対する答えを模索する上で，微生物生態学会で何か研究上の貢献はできないのだろうかというお考えに至った3つの理由について小暮先生にご解説いただきました。

世代を超えて

当会の黎明期における微生物生態学研究への想いと議論　　　　染谷　孝

1960年に開催された微生物の生態に関するシンポジウムを契機に「日本微生物生態研究会」が発足し，1985年に日本微生物生態学会が発足した。初代会長であった古坂澄石（ふるさか ちょうせき）先生を始め，当会の黎明期にご尽力された方々の約50年前のお考えなどについて染谷先生にご紹介いただきました。

特別企画

なんでバズったの？―アスガルドアーキア論文掲載までのサイドストーリー―
井町　寛之（国立研究開発法人海洋研究開発機構・超先鋭研究開発部門），延　優（国立研究開発法人産業技術総合研究所・生物プロセス研究部門）

2019年8月6日にNatureに論文を投稿した直後にbioRxivで公開したことでプレプリント論文がSNSでバズり，プレプリントの状態でScience誌が選ぶ2019 Breakthrough of the year (finalist)に選出されNature誌の表紙を飾ったアスガルドアーキア論文のサイドストーリーについて，井町先生と延先生にQ&A形式でご紹介いただきました。

リサーチ最前線（第33回山梨大会の優秀ポスター賞受賞者からエディターズチョイス）

ラッソペプチドの生合成機構の解明を目指して　　　　　　　　　　澄田　智美

特徴的な“投げ縄”構造を有するラッソペプチドは，貧栄養環境下において微生物が生産する抗生物質の一種である。本研究では，ラッソペプチドの合成酵素群のうち生合成経路の第1段階で働くLasB1についてX線結晶構造解析を実施した。

共生細菌のゲノム縮小進化を駆動する要因　　　　　　　　　　　　金城　幸宏

本稿では，共生細菌を対象にゲノムから遺伝子が失われて単純化していくゲノム縮小進化についてご自身の昆虫の細胞内共生細菌のゲノム解析成果とともに解説している。

アンモニア酸化細菌の個性によるしなやかな生存戦略　　　　　　　一色　理乃

本発表では，アンモニア酸化細菌の継代培養が難しい要因として表現型の不均一性に着目し，アンモニア酸化細菌の細胞集団において増殖と環境適応を両立するために表現型を不均一化する柔軟な生存戦略を明らかとした。

扉を拓く – 活躍する若手

国と分野の境を越えて　　　　　　　　渡邉　友浩（マックスプランク陸生微生物学研究所）

ピロリ菌，硫黄酸化菌，メタン生成古細菌と幅広い環境微生物のエネルギー代謝の原理や進化の研究に携わっていらっしゃった渡邉博士にドイツ留学のきっかけやフンボルト財団の奨学金の詳細などについてお話を伺いました。

世代を超えて

微生物と酵素を行ったり来たり　　　　　　　　　　　　　片山　葉子（東京文化財研究所）

現在石造文化財表面の微生物と劣化の関係などについてご研究していらっしゃる片山先生に，硫黄酸化細菌研究の歴史やご自身の硫黄化合物代謝に関与する酵素の構造解析研究などについてご紹介いただきました。

総説

付加体深部帯水層での微生物メタン生成とエネルギー生産システムの社会実装　木村　浩之，松下　慎，芦沼　完太，津布久　卓也

日本において，東日本大震災の原子力発電の停止により約8%まで低下しているエネルギー自給率を2030年までにある程度回復させるために，新たな科学的知見と技術開発が求められている。本稿では，西南日本の太平洋側の地域に広く分布する厚い堆積層の深部帯水層に存在する大量のメタンに着目し，地球科学と微生物生態学を融合させた研究成果からメタン生成メカニズムを解説するとともに，付加体の深部帯水層に由来する地下水，付随ガス，微生物群集を活用したエネルギー生産システムについて紹介する。

世界に羽ばたく

微生物生態系をバイオインフォマティクス解析で理解する～アメリカでの研究生活より～　石井　俊一（海洋研究開発機構）

電気微生物群集を対象とした研究に携わっていらっしゃる石井博士に，日本で生物プロセス工学と微生物生態学に出会い，アメリカの研究生活でバイオインフォマティクスを習得し，それらを統合する事によって「電気微生物」生態系の理解をどのように進める事が可能であるのかを，異分野融合に焦点を当ててご紹介いただきました。

扉を拓く – 活躍する若手

カリフォルニア工科大学への留学を振り返って　青木　仁孝（和歌山工業高等専門学校）

難培養性の嫌気的メタン酸化アーキア（anaerobic methanotrophic archaea:ANME archaea）の単離に成功された青木博士に，カリフォルニア工科大学へ留学して得た経験や感じられたことをご紹介いただきました。

「海外留学＝すごい」から，一歩踏み出す　　　守　次朗（横浜市立大学）

学士・修士課程を修了後，PhD studentとしてドイツに留学された守博士に，日本人とは似て非なる「勤勉」なドイツ流の研究スタイルや海外でポスドクの職をみつけるノウハウや心構えなどをアドバイスしていただき，読者の大学生，院生，博士が「海外留学＝すごい」から一歩踏み出して挑戦できるよう力強いメッセージをいただきました。

世代を超えて

私にとっての研究　今と昔　　　　工藤　俊章（北里大学）

学生時代・理化学研究所での研究員時代を通して“発酵系研究室の伝統”を守り，夕方になるとアルコールを友として活発にコミュニケーションをとっていらした工藤先生に，大腸菌変異株の網羅的取得研究，難培養性の極限環境微生物や共生微生物の研究，昨今のゲノムデータ解析研究まで各時代で最先端の研究についてご紹介いただきました。