2009 年 11 月 22 日制定
（前 文）
日本微生物生態学会の会員（以下，会員）は，微生物生態学に関する研究を通して，地球環境の保全と，人類の安全，健康，福祉の向上に努める。会員は，得られた知識・情報を伝達する自由と権利を保有してい
るが，それにともなう責任を自覚し，客観的で公正な発言を行うように務めなければならない。また，良心と良識に従う自律ある行動が，研究活動において不可欠であることを自覚し，真摯な態度で研究に取り組まなければならない。以上の主旨に基づき，以下に定める倫理綱領を遵守することを誓う。
（綱 領）
1．（環境の保全・生態系の保護）
会員は，地球環境の保全と生態系の保護を優先的に配慮し，活動する。
2．（人類に対する貢献）
会員は，微生物生態学の研究活動を通して人類の安全，社会の発展に貢献する。
3．（社会に対する責任）
会員は，研究開発とその成果の利用にあたっては，地球環境や社会への影響，リスクについて十分に配慮し，微生物生態学研究への社会の信頼を確保する。
4．（自己の研鑽）
会員は，微生物に関する専門家あるいは研究者としての能力の向上と研鑽に努める。
5．（研究活動）
会員は，自らの研究活動の過程において，本綱領の趣旨に沿って誠実に行動する。研究・調査データの記録保存と厳正な取扱いを徹底し，ねつ造，改ざん，盗用などの不正行為を為さず，加担しない。
6．（契約の遵守）
会員は，他者との契約を遂行する場合にあっては，誠実に行動し，契約の下に知り得た職務上の情報について機密保持の義務を全うする。
7．（情報の公開）
会員は，活動の成果の公開に努める。また，研究ならびに技術開発の中で，安全に関わる社会的に影響の大きな事柄が生じたときはこれを速やかに公開する。
8．（他者との関係）
会員は，他者の研究活動の成果を尊重するとともに，科学的で客観的な態度で評価する。
9．（公平性の確保）
会員は，すべての個人に対し，その自由と人格を尊重し，人種・国籍・宗教・職業・性別・年齢・障害などに囚われることなく，公平に対応する。